传统的依赖质谱的蛋白质组学技术(包括shotgun、Label free、iTRAQ/TMT以及SILAC等)的采集模式为DDA(Data DependentAcquisition)。在这种模式下,质谱根据离子化的肽段母离子的强度,依次选择N个(一般10-20)强度最大的离子进入串联质谱,进行进一步碎裂,然后经过与模板蛋白质数据库比较确认。这种方法无疑丢失了大量有用的肽段母离子信息。此外,经过二级碎裂的二级谱图,在后期使用软件鉴定中也仅有少量谱图得到解析(约30%-50%),大部分谱图依然得不到有效利用。由于质谱选择离子的随机性,造成鉴定的重复度较低。又由于空间电荷效应的存在,大大限制了分析的动态范围,一些重要的低丰度蛋白得不到解析。