单细胞测序系列技术全知晓

单细胞测序系列技术在单个细胞水平上,揭示全基因组范围内的所有基因表达情况,鉴定组织细胞类型,反映不同样本间的基因表达异质性和组织微环境,在药物治疗,抗体生产,靶向用药等生物医药和科研领域开启了新的纪元。本专题涉及单细胞测序系列技术(单细胞测序,空间转录组测序等)的介绍,从技术原理,方法比较,数据分析策略,实验方案设计到实用经典文献案例解析,全方位,多角度梳理不得不知的硬核知识点,让您单细胞技能一站式加满!

实验资料

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植物单细胞测序的研究思路

植物单细胞测序知多少一文带你了解前人植物单细胞测序的研究思路现在距国内的首篇关于植物单细胞测序的文章的发表已经过去三年了。这期间有残酷的新冠疫情的发生,科研工作者对科研的热情依旧没有削减,依旧是勤勤恳恳的专注与科研之路,我们也紧跟着科研的脚步,不断学习着,充实着自己。通过学习已发表的单细胞测序文章,可以清晰的看到,目前大多是的植物单细胞文章还是处于以构建细胞图谱为主,主要的结果描述还是拟南芥根的细胞组成,这 ...
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空间转录组冰冻组织样本包埋操作及注意事项

准备工作:干冰(粉末状),OCT(冰上预冷 30min 以上)1. 在包埋模具上好做方向标记,用于确定切片方向;2. 于包埋模具中加入 1/3 或更多的 OCT;3. 修剪组织,用吸水纸吸去组织表面血液或组织液;4. 将组织放入挤有 OCT 的包埋模具中,调整好位置;5. 往包埋模具继续加入预冷的 OCT,完全覆盖组织;6. 将包埋模具置于干冰上,盖上干冰盒盖子,或敞开放入-80℃冰箱速冻;7. 待组织块变白后,包埋完成,可连同包埋模具一同保存运输。注意事项:1. 组织大小:小于6.5 mm x6.5 mm ; ...
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如何解析空间转录组 spot 细胞组成

科研的魅力之处,在于无穷尽的探寻生命的本底,通过单细胞测序,我们对组织器官的分子基础的研究也从初级到深层,并在单细胞层面逐渐达成一致,而空间异质性是器官功能的关键特征,细胞的位置信息更能反应细胞命运调控机制和细胞谱系发生过程。因此时间和空间即像组织器官的AB面,而不可否认的是,此时空间坐标的记录,像一个还未长大的娃娃,虽未触及分子基础研究的深层,但仍在努力攀登探寻生命本底的下一个高峰,我们结合烈冰现有实战经验 ...
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单细胞测序在肝癌炎癌转化机制中的研究思路

肝细胞癌(HCC)是全球癌症相关死亡的第三大原因。多种病理因素,如HBV和HCV感染、饮酒、致癌基因DNA损伤和肥胖,均能够诱导炎性肿瘤微环境,进而促进肝癌的发生发展。国际免疫学顶级期刊Immunity于北京时间2021年5月25日晚23时在线发表应用单细胞测序探究肝癌转化调控机制的最新成果——“The zinc finger protein Miz1 suppresses liver tumorigenesis by restricting he ...
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单细胞免疫组库(TCR/BCR-seq)测序

免疫组库是哪位?能够称为“组库”,首先是功能相似的N多细胞的集合。而“免疫”是指免疫细胞,特指T/B淋巴细胞。“So~免疫组库”(Immune Repertoire,IR),指某个体,特定时间点下,所有功能多样性T/B淋巴细胞的总和。T/B细胞利用细胞表面受体(TCR/BCR)识别和结合抗原,介导机体产生针对性的免疫应答,发挥免疫功能并做好记录备案,如果该抗原再次入侵可迅速作出反应,作为健康卫士守护肌体城池。“组库”从哪来?除了n多T ...
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Visium FFPE 的风很大,你真的了解吗?

2020年夏天,空间转录组技术(Visium)横空出世,空间转录组技术将组织学影像与RNA测序的高通量和发现能力相结合,对样本进行全转录组(WTA)分析,获得基因在空间位置上的表达信息,但初代Visium技术实验只能用冰冻组织样本,时隔一年该技术已经适用于石蜡包埋组织样本,今天咱就来唠唠,看着风很大的Visium FFPE 空间转录组到底是什么,和之前的Visium冰冻组织样本(以下称visium)区别在哪?什么是FFP ...
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