Seurat的数据结构、基本算法和工作流程

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讲师介绍

傅兴
博士,生物信息科学家,仁科生物 毕业于中国科学院上海生命科学研究院,研究方向为生物信息学。毕业后曾在中科院马普计算生物学研究所,上海生化细胞所和上海植物逆境生物学中心从事生物信息学研究和计算平台管理的相关工作。现任仁科生物首席生物信息科学家,负责单细胞测序相关的软件开发和技术支持工作。

视频介绍

单细胞测序可以揭示每个细胞的独特变化,甚至可以检测到全新的细胞类型。单细胞测序技术被认为是科学技术发展的重大创新,使科学家能够在单细胞水平上研究分子机制,推动了肿瘤学、免疫学、神经科学、细胞发育等领域的发展。

10x Genomics的Chromium单细胞基因表达解决方案可在数百到数万个细胞中检测单细胞转录组3’基因表达谱,探索细胞异质性,识别罕见的细胞类型,发现新的靶点、生物标记、细胞类型和状态。

Seurat是单细胞测序数据分析的常用软件之一。在本次报告中,上海仁科生物的生物信息学科学家-傅兴博士将深入浅出地介绍Seurat的数据结构、基本算法和工作流程,并利用示例数据和代码展示Seurat软件的基本操作步骤,还将分享许多单细胞数据分析过程中的经验。