stLFR 技术助力基因组组装

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讲师介绍

范广益
博士、特聘教授 深圳华大生命科学研究院数字化地球研究所 华大智造特邀嘉宾

视频介绍

基因组组装(Genome assembly),是指使用测序方法将待测物种的基因组生成序列片段(即 read),并根据 reads 之间的重叠区域对片段进行拼接,先拼接成较长的连续序列(contig),再将 contigs 拼接成更长的允许包含空白序列(gap)的 scaffolds,通过消除 scaffolds 的错误和 gaps,将这些 scaffolds 定位到染色体上,从而得到高质量的全基因组序列 [1]

基因组组装对于基因组分析而言,十分关键。如何选择合适的测序技术和平台进行海量物种的组装?基于 DNBSEQ 平台的 stLFR 数据从头组装效果如何?算法原理是什么?有无更好的混合组装策略推荐?

本期智造宣讲厅中青岛华大生命科学研究院副院长范广益教授,分享他和他的团队是如何利用 DNBSEQ 平台产出的 stLFR 数据完成海量物种的基因组组装,包括鱼类基因组、鸟类基因组、红树林基因组、微生物基因等。此外,关于 stLFR 的混合组装策略,重测序和 stLFR 分型结果等,也在本次线上直播展开深入探讨,旨为业内同行在相关后续研究中带来更多助力。

参考资料:
【1】https://blog.csdn.net/u010608296/article/details/90110770