免疫组化分析模块 HistoQuest
HistoQuest 是一款可以用于组织切片或细胞涂片成像及分析的软件，可分析免疫组化的样本，分析的流程和结果与流式细胞仪相似。最终的细胞散点图中每个细胞可赋予 18 种参数，可以根据阴性对照设置 cut-off 值以确定阴阳细胞比例，也提供圈选功能确定亚细胞群体。数字化玻片上的细胞及其相关数据通过正反向回溯功能变得更加直观化。也有特殊的 TMA 和 FISH 样本的分析模块。
TG 作为细胞计数和染色强度检测方面的专家，发布了新版的免疫组化分析的软件。Histo Quest（第三版软件）的免疫组化分析延续 FACS 的数据分析的优势并且融合了直观的柱状图结果呈现方式及便捷的用户使用界面。
免疫组化在核分离中应用专利的细胞识别法则。独特的正反向回溯及便捷的用户使用界面，以及自动的 cut of 值，因此是一个结合数据分析和数据控制的一种理想的影像分析工具。
免疫组化分析是一个出色的明场图像分析软件，用于分析由免疫组化或其他染色的样本，HistoQuest 提供全自动的分析模板，也适合于临床常规研究应用。
KI-67 核染色
在结肠样本中所有细胞核利用 TG 专利的检测方法被检测。Ki-67 的染色强度被定量分析。
Ki-67 的平均染色强度以散点图的形式展示出来，利用自动运算功能设定 Ki-67 的 cut-off 线，Ki-67 阳性细胞的细胞核在红色的 cut-off 线以上。
HER2/NEU 膜染色
总面积测量
对于多个染色区域的分析可以测量其总面积、区域大小和染色强度等数值。
TMA 分析
该软件支持全面的 TMA 分析。利用 TissueFAXS 和 HistoFAXS 进行扫描，相关模块中可对纵向列进行命名并自动识别或者手动绘制 TMA 斑点。也可对其他扫描仪器扫描的 TMA 样本进行分析。
自动化操作
免疫组化分析软件 3.5 版本可以支持一种类型的多种样品。颜色拆分支持更加复杂的样品。
新型测量参数
一部分新型参数像测量比例参数，膜上染色区域的强度。
图像比较
应用图像比较功能可以实现用不同标记物标记同一组织，并对该组织连续分析。
叠加对比分析
针对不同样本可实现叠加对比分析。
膜运算
第四版的 HistoQuest 分析软件具有独特的「膜运算」模块用来检测膜染色。膜检测（红色部分）可以与单个细胞（绿色轮廓）检测相结合。
可以得到数据：膜染色的总长度/膜染色的强度/每个细胞核的膜内半径/确定没有被染色的膜/
数据输出
具有 3 个数据输出模块，可以提供原始数据。
HistoQuest- 通常应用在明场中
HistoQuest 高效的分析需要一些列的模块支持，从光学观察到图片精确成像，以及成批处理数据及结果呈现等，HistoQuest 可以极大减轻图像分析的工作量，它可对 6 组玻片进行光学观察并提供预览图，同时可借助高效但易用的软件对一系列图片进行进行定量分析并输出分析结果。
模块
TG 的软件模块可以被定制以满足不同用户的需要。最新的版本为 TissueQuest 4.0. TG 分析软件共有 6 大模块：组织学/细胞核计数/细胞与细胞质/诊断/升级版诊断/TMA 。
组织学模块
该入门级模块支持输入不同滤片得到的原始荧光灰度图像，画定感兴趣区域得到样品中染色面积。同样可以作为标注工具。得到数据的直方图，结果以 Excel 或 PDF 格式输出，可以单独或者与其它模块一起使用。
模块 2- 细胞核计数
与组织学模块相似的是，细胞核计数模块可以得到被染色核的数量以及其它分析参数，像细胞核的面积和染色强度。
模块 3- 细胞与细胞质
该模块增加了更多细胞结构方面的分析：胞浆标记物的 ring mask 与 cell mask 可以通过升级的运算法则得到。数据同样可以根据散点图呈现。
模块 4- 诊断
该模块可以实现细胞核和胞质室的虚拟通道比较然后可以输出报告。可以进行图表比较。度量尺与标量可以利用在样品测量。
模块 5-Diagnostics Xtended
该模块可以应用 cut off 值分离图表中阳性和阴性群组。通过正反向回溯，散点图和直方图与图像可以更好的分析。特殊扫描器得到的图像一样可以被应用并且可以通过示例查看器进行比较。手动修正工具可以应用在确定的细胞核与特殊的区域内。快速 ROI 工具可以更快范围更大的得到感兴趣区域与标释。
模块 6-TMA
多重组织浏览器：全新的多窗口浏览器，针对同一样本支持最多 6 种颜色同时分析，可实现对同一组织结构进行不同染色对比分析。
导入方案：HistoQuest 能够导入完成的 HistoFAXS 扫描影像，而后展示 ROI 的预览部分。利用画图工具在样本中画出 ROI 进行后续的 HistoQuest 分析。（例如图中肿瘤部分）
导入影像
同时，其他格式的影像也能够利用该系统导入分析（不支持外部图像组合预览）。
颜色拆分
与免疫荧光不同的是，免疫组化分析中所有 marker 都存在影像中，需利用颜色拆分。
HistoQuest 中，颜色拆分是利用手动颜色选择工具进行半自动化命令。
利用自动分割功能的专利算法将每一 marker 产生对应灰度值通道。
HistoQuest 根据不同的实验目的选择相应的颜色拆分方法。
自动颜色拆分
单一对比度
多重对比度
核分割
TG 专利运算法实现自动核分割。
快速专利运算法能够针对分别影像做到分割，可对一些列图像自动进行核分割与相关分析方法计算。
核分割输入初始值后能够完全自动分析，初始值包括：
平均核大小/利用面积区分（排除小型核碎片）/利用灰度值区分（排除弱染色核）/背景界限值（默认值为自动）
正反向回溯
在散点图中选择区域进行分析。
选中区域中的细胞被高亮显示以保证分析结果的准确性。
内部 cut off 线设置及设门支持实时反向回溯功能。
