分分钟给你一个新课题 就这 268 个样本

阅读原文>>

PMID: 23717493
影响因子：3.234
GEO 相关样本：268（GSE29272）
物种：人

文章内容

目的：
通过解剖位点概要分析胃癌中 RNA 表达作为鉴定分子类型的初始步骤并且为早期检测和治疗提供靶标。

方法与结果：
我们用陕西省病人的胃贲门腺癌 (n = 62) 和非胃贲门腺癌 (n = 72) 以及他们匹配的正常组织用 Affymetrix GeneChip U133A 芯片做转录组分析，并且经过验证选择附加 RNA 研究的特异表达的基因。特异表达的基因的表达与生存情况相关。
主成分分析表明通过肿瘤组 vs 正常组，解剖位置，和组织病理特征显示了样本聚类。肿瘤与正常组织通过 Paired t-tests 比较鉴定了 511 个基因在胃贲门和非胃贲门的胃癌中的表达是特异性表达（P,4.7E-07 至少 2 倍差异），在胃贲门和非胃贲门交集中包括接近二分之一的 (n = 239, 47%) 特异性表达，单独在胃贲门中仅仅四分之一特异性表达 (n = 128, 25%)，并且单独在非胃贲门中仅仅四分之一 (n = 144, 28%)。附加的 RNA 研究证实了分析结果。表达是与胃癌中胃贲门的 20 个基因和非胃贲门的 36 个基因生存情况相关。

结论：
这里的特异表达基因识别代表一个对未来努力的了解病原学的异质性，制定早期诊断的生物标志物检测，和测试治疗胃癌的分子靶标一个全面的起点。　　

样本信息：
268 个（癌与癌旁）样本，其中胃贲门癌与癌旁 124 个，非胃贲门癌与癌旁 144 个。文章中还结合了以前研究中的 106 个食管鳞状细胞癌与癌旁的数据进行了分析，但是没有提供这部分的数据。

Affymetrix GeneChip Human Genome U133A (HG_U133A)

胃贲门癌：

非胃贲门癌：

推荐理由：

1. 文章样本数据比较可靠：样本数量多达 268 个，属于大数据分析，分析结果会较客观可靠。文章样本数据包括了胃贲门癌、非胃贲门癌与癌旁，另外文章中还结合了以前研究中的 106 个食管鳞状细胞癌的数据进行了分析。

2. 文章中实验部分介绍的非常仔细，但是数据分析部分还不是很全面。主要用到了主成分分析，所以还可以再延伸分析部分的研究，我们做了后续的功能 和通路分析。

分析实验室：

数据复用方案：分别将胃贲门以及非胃贲门的癌与癌旁的差异结果取交集进行后续的功能及通路的研究。

[GCAS8931]20151225.sch


其实这篇文章的思路很简单，只是如此大量的样本分析了差异基因着实可惜了一些。上图的结果 (胃癌联盟实验室里查看) 延伸方向是：在胃贲门与非胃贲门中找到癌与癌旁的差异基因，并分析它们的功能和通路。小编点击数据结果查看分别做过两次差异分析的交集基因，在 GCBI 词典中搜索一下差异最大的基因——SCN3B，该基因主要是在神经元和肌肉中负责产生动作电位。不仅如此，通过在 GCBI 搜索与其 SCN3B 和胃癌相关的文献才 41 篇，据文献报道，SCN3B 调节 P53 凋亡途径，那么我们是不是可以继续深入研究这个基因？而且，刚才提到的交集基因很多，我们是不是可以做的更多？

GCBI 周年庆活动第二波大礼正在派送，关注 GCBI 知识库订阅号，回复「好礼」查看如何获得大礼！

编辑： qimx    来源：丁香园