肝再生机制
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PMID: 23185381 影响因子：3.534 GEO 样本数：27
据统计，我国有 14% 的人群患有病毒性肝炎或是乙肝病毒携带者。乙型肝炎病毒 (HBV, Hepatitis B virus) 属于嗜肝 DNA 病毒科，基因组长约 3.2kb，为部分双链环状 DNA。急性肝功能衰竭 (ALF, Acute Liver Failure) 是原来无肝病者肝脏受损后短时间内发生的严重临床综合征，死亡率高。最常见的病因是病毒性肝炎, 原位肝移植是目前最有效的治疗方法。
本文研究使用的病例是 HBV(Hepatitis B virus) 引起的 ALF(急性肝功能衰竭)，治疗方法是进行了原位肝移植。通过对 ALF 样本和正常样本的基因检测，来探索肝再生功能的分子作用机制。文章首先收集样本进行基因检测，根据无监督分类和免疫组化的分类将结果分成三类并进行差异比较，最终得到的差异基因进行功能分析。
样本收集
本文收集了 4 例急性肝功能衰竭病例，两男两女，平均年龄 42 岁，之前均无静脉注射毒瘾、酗酒和纹身 (毒瘾和酗酒严重损伤肝组织，而纹身用于排除感染的可能性)。这 4 个病例都是突然出现以下所有或部分症状包括发烧，腹部疼痛，恶心呕吐和越来越强的不适感，在入院的时候都是有黄疸。经过检查发现均无慢性肝病。4 个病例的临床表现，生化指标和病毒因素都非常相似。另外，4 位病人也都进行了血清测试，排查 HAV，HCV，HDV，巨细胞病毒 (CMV)，EB 病毒和 HIV，经测试均为阴性。在进行肝移植手术过程中进行 4 例样本的收集，每位病人各取 4 个样本 (其中病人 219 取 5 个样本)，共计 17 个肝组织样本。
下图是这四个病例在入院指标，分别是：入院指标和手术前指标。
正常样本共 10 例，5 男 5 女，平均年龄 35 岁，均无活动性感染 A、B、C、D 型肝炎和其他病毒。肝脏组织结构上，正常肝组织 6 例，3 例有轻微的脂肪变性，1 例有轻微的管区炎症。该项目由美国国立卫生研究院 (National Institutes of Health) 下属的 Human Subjects Research 支持。
数据解读
关于文章具体的结果讨论，大家可以查看视频。本文的芯片数据质量较高，但是仅简单的做了差异筛选和功能分析，对数据利用较少，下面我们来看一下静静老师如何解读这批数据。
在联盟实验室的肝癌实验室中，可以看到静静老师建立了五个方案，这里重点来看其中的 1 个方案。在文章中提到，通过显微观察将病例样本分两类：MHN(广泛性肝组织坏死) 和 SHN(次广泛性肝组织坏死)。加上正常样本，一共有三个分类，除了文章进行的数据分析之外，红色方框是在此基础上进行的拓展，即三分组的趋势和功能，以及通路分析。趋势分析中，可以得到显著性的趋势，文章中的聚类图主要是对应的是趋势 2，同时从该数据部分中还可以得到该差异基因富集到的功能。
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