GCBI:基因数据指导精准医疗

有些事 NCBI 也做不到

   2015-11-11
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用户使用 NCBI 的问题

1.权威文献查询

中国用户使用了 Pubmed 近 20 年。在浩如烟海的医学文献中,所有人都希望能用最快的速度查到最准确的信息。医生总是最繁忙的,他们都渴望快速搜索一个关键词后,获得的文献是最权威、最可信的文献,而不是用眼睛、时间、词典辛苦地一篇篇阅读,在头昏脑涨之后,一无所获。但是,至今 Pubmed 也没有解决这个问题。比如,有一个特殊应用,被文献验证的小 RNA 靶基因是最好研究触发点。文献验证的小 RNA 与靶基因的关系可信度高于算法预测。用户唯一能做的就是阅读上万篇文献,去找这种文献验证的关系。其痛苦程度可想而知。

2.基因与疾病的关系

基因数据融入医学研究已经成为普遍情况。用户在选择研究目标有关的基因时,往往要阅读大量的文献,在脑子里有大量陌生的基因名字时,才能发现医学知识与基因的关系。这个过程是极其耗时和痛苦的,但是即便如此,都不一定能够全面、权威地发现结果。对此, Pubmed 和 NCBI 上仍然没有很好的解决方案。

3.共享基因数据的便捷使用

NCBI 自 2001 年开始公布共享数据以来,已有 3.4 万篇文献使用了他人共享的数据,节省的研究经费累计约 10 亿美元。共享数据的好处是,可以不需要再付检测成本既可以产生新的成果。但是,他人使用共享数据并不轻松,需要在半年左右学习生物信息软件才能利用免费数据,对于没有时间和知识背景的临床医生来说,这是“够不着的葡萄”。NCBI 至今没有好的方法解决这个问题。

4.大数据挖掘

NCBI 的 blast 等分析工具已经在线服务了近 15 年,NCBI 提供的类似工具多是单基因计算工具,只能解决数据量很小的基因分析。在基因数据量爆炸的时代,和基因打交道的医生中有 1/3 具有全基因层面的数据。而 NCBI 没有提供满足这类需求的工具。或许 NCBI 准备提供,但是所使用的策略仍需要用户花费很多时间学习后才能使用。

GCBI 为何要解决这些问题

GCBI 假设医疗将大量使用基因数据,医生非常需要连接基因和疾病的智能化平台。因此,GCBI 会迅速地告诉医生,他们搞的每项医学研究中是什么基因在起作用;如果希望扭转疾病的发展,应该改变哪些基因。GCBI 还会告诉医生,哪些文献对医学研究有真正的指引价值。对于那些研究经费较为充裕的医生,他们可能拥有自有的全基因数据,GCBI 提供了非常灵巧、易用的在线分析工具,工具几乎无须学习。GCBI 生成的基因结果非常权威,因为其方法和流程发表过 95 篇国际水平的研究论文。GCBI 生成的结果甚至无须增加其他技术方法,就可以直接发表论文。更重要的是,通过 GCBI,医生可以找到与自有基因数据可比的共享样本,通过更多样化的数据类型,讲出更多的故事。

GCBI 怎么能够做到

1.快速发现最好的文献

GCBI 每天与 Pubmed 同步,用户可按“影响因子”对搜索结果排序,瞬间找到最权威的文献。查询者还可以保存这些文献,无论在电脑还是手机上,均可以快速阅览最权威的文献结果。

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2.一键提炼关键词相关基因

使用"高级过滤条件"中"与基因相关的文献"功能,用户可以瞬间发现关键词相关基因。比如,和"干细胞"有关的文献中有 ZP1 这个基因,就是通过这种方法提炼出来的。

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3.高可信度的小 RNA 靶基因

GCBI 的词典功能中包含了基因库,每个基因都可以给出小 RNA 列表,每个小 RNA 也可以给出靶基因列表。这个功能中,最贴心的就是"已验证靶基因"模块,点击一下就可以过滤出已被实验验证的小 RNA 靶基因。

4.疾病共享全基因数据

共享数据的好处是,可以不需要再付检测成本既可以产生新的成果。GCBI 提供快速查询共享数据的功能,并且清楚标出样本类型。医生看到符合自己需要的样本后会如获至宝。注意,GCBI 还有"发送样本到 GCBI 在线实验室",这个功能就是要解决 NCBI 上使用共享数据的困难之处,用户无需下载数据,可以直接把数据发送到自己的账号中进行在线分析,所有数据直接会搬到您的账户中。即便您关掉电脑,都可以在手机上查看账户中的数据下载情况。

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5.多样化的在线分析

在进行基因数据分析时,无论来自共享数据还是自有数据,基因研究者们都需要花半年左右学习生物信息软件才能利用免费数据,对于没有时间和知识背景的临床医生来说,这是"够不着的葡萄"。至今,NCBI 也没有好的方法解决这个问题。GCBI 通过非常简单的拖拽行为,可以快速组合出分析流程并得到分析结果。所有结果都可以快速调整,还可以设计无穷多种思路并执行这些思路。而且用户可以在手机用户无须安装生物信息软件、无须学习、无须下载共享数据、无须担心 10 年以后数据丢失。

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对于一个希望散步时想工作,而工作时在散步的医生来说,GCBI 可以在手机上构建分析流程并查看分析结果。下面是手机上看到基因分析结果:

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总之

即便你不太具有创新的想象力,GCBI 也会给你插上想象力的翅膀,所想即所见;即便你不具有严谨精神,GCBI 也会告诉你严谨的方法是什么;即便你没有诱人的研究经费,GCBI 也能让你做出大型研究的水平。这些,都是 GCBI 所特有的。


编辑: wuch    来源:丁香园

了解 GCBI:www.gcbi.com.cn
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