大豆对乳腺癌基因表达的影响
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PMID: 25190728 影响因子 12.583 GEO 相关样本： 51
本次课程分享的是一篇发表于《JNCI》的文献，服用大都蛋白蛋白补充剂可能导致患有乳腺癌妇女的相关基因发生改变，此项研究中，共募集了 140 名被确诊为浸润性乳腺癌女性，在做了治疗手术后的 7 天至 30 天中，有一半人服用了大豆蛋白粉，另一半服用安慰剂，比较了手术前和手术后肿瘤组织的变化，结果呈现尽在 GCBI 乳腺癌联盟实验室。
试验设计
本文试验共两个目标：1、大豆粉组和安慰剂组比较肿瘤细胞增殖指标、凋亡指标；2、检测基因表达谱芯片、定量 PCR、NanoString 表达检测。
图 1
此项研究中，共募集了 140 名被确诊为浸润性乳腺癌女性，在做了治疗手术后的 7 至 30 天中，有一半人服用了大豆蛋白粉，另一半服用安慰剂。其中有 8 例病人失访，最终监督的病人有 132 例并进行血浆异黄酮检测，这里面有 28 例没有获得活检样本，剩下的 104 例样本进行免疫组化检测，并对活检样本进行 Nanostring 检测 (图 1)。在这之后 (图 2)，病人随机分别服用大豆粉和安慰剂，在外科手术之前进行第二次血浆异黄酮检测，拿到样本后进行基因表达谱芯片检测和第二次的免疫组化检测和 Nanostring 检测。
图 2
免疫组化检测内容
HER2：乳腺癌常用指标
ER: 判断乳腺癌预后的指标之一
Ki67：标记肿瘤细胞增殖能力
Cas3：标记肿瘤细胞凋亡能力
IHC 评分：10 倍光镜下 Ki67 和 Cas3 的染色比例
Nanostring 检测
可以同时检测 202 个自定义基因的表达量
批量基因检测的成本低于定量 PCR
为绝对基因表达定量
比基因芯片具有极高的灵敏度，可用来检测极低丰度的 mRNA，若每个细胞只表达单个 mRNA 也能够被检测出来
结果表明，服用大豆组后的血浆异黄酮浓度是安慰剂组的 4-7 倍 (图 3)，使用 Nanostring 检测已知的乳腺癌相关基因，基因 FANCC、UGT2A1 在服用大豆粉后增加，而安慰剂组减少。全基因芯片检测后发现，高血浆异黄酮组增加了癌细胞增殖类基因的表达。使用 PAM50 基因对样本分群后发现，高血浆异黄酮组的分型类似于 Luminal B 型样本，低血浆异黄酮组的分型类似于 Luminal A 型样本。值得注意的是，FGFR2 在服用大豆粉组明显表达增加。无论是否服用大豆粉，不会影响增殖类和凋亡类的病理变化。
图 3
本文使用了常规的生物信息学，我们可以使用 GCBI 进行分析重现，但重点是通过这批数据我们还可以得到更多文中尚未挖掘的内容，例如，当血浆异黄酮高、低差异导致的基因变化又是如何呢？从“血浆异黄酮导致的基因变化网络”中得到两个基因之一，FGFR2 与文中结果一致。文章中筛选出了 120 多差异基因，但是李老师使用 GCBI 筛出了 91 个，减少的原因在于使用 Q 值进行筛选，其条件更为严格。了解 Q 值、FDR，请在“GCBI 知识库”微信公众号页面输入“044”。
详细内容请点击视频：http://college.gcbi.com.cn/silu/648.jhtml
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