聚焦新冠 | 2019 新型冠状病毒的基因组特征分析

来自香港大学李嘉诚医学院的陈福和博士（Jasper Fuk-Woo Chan）、袁国勇院士及其同事在 Taylor & Francis Group 旗下期刊 Emerging Microbes & Infections （新发病原体及感染）上发表了一篇名为 2019 新型冠状病毒的基因组特征分析的文章，对一组新型冠状病毒基因组进行了生物信息学分析，并将其和相关冠状病毒组比较。本研究结果为将来对这种新病毒的发病机理、诊断优化、抗病毒策略和疫苗开发的研究打下了基础。

文章链接

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1719902

文章摘要

一种神秘的非典型肺炎于 2019 年末爆发，源头可以追踪到中国武汉一家海鲜批发市场。几周之内，WHO 将这种新型冠状病毒暂命名为「2019 新型冠状病毒 (2019-nCoV)」。我们对一组新型冠状病毒基因组进行了生物信息学分析，并将其和相关冠状病毒组比较，该病毒基因组来自一名感染了 2019-nCoV 的患者。

总体来看，2019-nCov 的病毒基因组与蝙蝠 SARS 样冠状病毒 CoVZXC21 的核苷酸序列同源性为 89%，与人 SARS 冠状病毒的核苷酸序列同源性为 82%。其 orf1a/b, 刺突糖蛋白 (S), 小包膜蛋白 (E), 膜糖蛋白 (M) 和核蛋白 (NP) 的系统发生树也与蝙蝠、麝猫以及人 SARS 冠状病毒的系统发生树高度吻合。但 2019-nCoV 的 S 蛋白受体结合区外部子区和其他 SARS 相关冠状病毒的氨基酸同源性仅为 40%。引人注意的是其 orf3b 编码了一种全新的短蛋白，其 orf8 有可能通过α螺旋和六链β折叠编码了一种分泌性蛋白。

根据麝猫在 SARS 以及骆驼在 MERS 传播中的作用，追溯 2019n-CoV 的动物源及其历史形态十分重要，有助于我们了解这种新型谱系 B 冠状病毒的起源和演化。本研究结果为将来对这种新病毒的发病机理、诊断优化、抗病毒策略和疫苗开发的研究打下了基础。

关键词：冠状病毒，武汉，SARS，新兴，基因组，呼吸病，病毒，生物信息学

作者简介

• CHAN, Fuk-Woo（陈福和）

临床微生物及感染学医生，香港大学医学博士，英国皇家内科医学院院士，英国爱丁堡皇家内科医学院荣授院士，英国皇家病理科医学院荣授院士，香港病理学专科学院院士，香港医学专科学院院士 (病理科)

• YUEN, Kwok-Yung（袁国勇）

医学微生物学专家，中国工程院院士、香港科学院创院院士，香港大学霍英东基金教授（传染病学）、香港大学李嘉诚医学院微生物学系讲座教授、香港玛丽医院微生物学系主管、香港大学新发传染性疾病国家重点实验室主任。

研究领域集中在新发传染病的新型病原体，他带领团队发现了人类冠状病毒 HKU1、蝙蝠类似 SARS 冠状病毒、蝙蝠冠状病毒 HKU2-24 和多种细菌、真菌以及寄生虫。

关于 Emerging Microbes & Infections

Rank: 26/155 (Immunology) 15/125 (Microbiology)

本刊由复旦大学教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室闻玉梅院士牵头发起创建，闻玉梅院士和麻省大学医学院 Shan Lu 教授共同担任主编。本刊编委会由国内外知名专家组成，是一本根植于中国并覆盖全球的英文期刊，覆盖了病原微生物及感染的病原学、免疫学、流行病学、疫苗学、临床与实验医学及抗微生物制剂及耐药性等内容。

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文章来源：微信公众号「 TandF学术」  

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