染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的一项重要技术,通常用于转录因子、特异性修饰组蛋白等 DNA 结合蛋白结合位点的研究。转录因子与组蛋白修饰是转录的关键决定因素。因此,ChIP 实验可以提供强大的手段解密基因表达。
通过 ChIP 检测可以获得在体内的 (In Vivo) 目标蛋白和预期基因组 DNA 片段是否在同一复合物中的结论。EMSA,也称 gel shift 获得的结果是体外的 (In Vitro) 目标蛋白和预期基因组 DNA 片段的结合结果,可以推断细胞内也发生类似的结合,但并不代表该情况在细胞内也真实发生。而 ChIP 的检测结果则可明确说明这种结合在细胞内是真实发生的。 应用案例: 案例一: 2022 年,中国科学技术大学朱涛教授团队在《Nature Communications》(IF:14.919) 杂志上发表了题目为 Cancer stem cell regulated phenotypic plasticity protects metastasized cancer cells from ferroptosis 的研究成果。该研究揭示了肿瘤干细胞调控的表型可塑性保护转移性肿瘤细胞免于铁死亡的新机制。乳腺肿瘤干细胞分泌 DDK1 促进肿瘤转移,而 DKK1 可以促进 SLC7A11 表达,从而促进转移灶抵抗铁死亡。 特别地,该研究团队使用碧云天 ChIP Assay Kit(P2078)试剂盒,通过 ChIP 检测证明了 TCF4 与 DDK1 启动子结合。还通过 ChIP 检测到 BCSCs 中 β-CATENIN 招募到 DKK1 启动子区域的增加。 此外,该研究还用到了碧云天 GSH 和 GSSG 检测试剂盒(S0053)。
2022 年,合肥工业大学汪惠丽教授团队在《Cell Reports》(IF:9.86)杂志上发表了题目为 Gut microbiota shapes social dominance through modulating HDAC2 in the medial prefrontal cortex 的研究成果。该研究揭示了大鼠肠道菌群与社会等级分配之间的联系,并明晰了该现象背后的肠-脑调节机制。当诱导菌群生态失调时,大鼠倾向于处于从属状态,而当进行菌群移植,大鼠则会重新处于社会主导地位。进一步机制研究发现,肠道菌群代谢产物丁. 酸以及组蛋白去乙酰化酶 HDAC2 参与调节这一过程,存在以丁. 酸和 HDAC2 为靶点的肠脑轴途径。HDAC2 在脑区具有特异性表达,对内侧前额叶皮层兴奋性突触传递具有一定的调控作用,从而影响大鼠竞争行为学实验表现。 特别地,该研究团队使用碧云天 ChIP Assay Kit(P2078)试剂盒,通过 ChIP 检测显示 HDAC2 占据基因启动子,证实了 Grin2c 和 ATF3 是直接效应体。 此外,该研究还用到了碧云天抗荧光淬灭封片液(P0126)、Protein G Agarose(Fast Flow, for IP)(P2053)、BeyoFast DYBR Green qPCR Mix (2X)(D7260)、PCR 纯化试剂盒/DNA 纯化试剂盒(D0033)。 |