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以下小编分享一篇今年8月25日发表在《Aging》的原著性文章,标题是Characterization of long non-coding RNA and messenger RNA profiles in laryngeal cancer by weighted gene co-expression network analysis,影响因子4.831分。 https://doi.org/10.18632/aging.102419 文章的关键术语 laryngeal cancer (LC)喉癌 biomarker weighted gene co-expression network analysis lncRNA-microRNA 研究主旨 本研究从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中收集了RNA测序数据(包括lncRNA表达数据和mRNA表达数据),以阐明与健康人群相比,LC患者中重要的共表达模块。这些模块与LC患者的临床特征密切相关,而且这些模块中的基因可能还会影响LC发展。在研究中选择共表达粉红色模块作进一步分析,因为它包含许多重要的临床特征,可有助于开发更多适用于LC患者的生物标志物。此外,对 lncRNA-miRNA-mRNA 和 lncRNA-RNA 结合蛋白-mRNA 网络的分析可能为LC的分子机制提供新的见解,从而有助于改善LC患者的早期诊断和整体预后。 LC也是较常见的肿瘤之一,其预后很差。LC的发生率呈逐渐上升趋势。虽然早期诊断的患者可以进行手术治疗,但大多数病例往往在诊断出来时已经在晚期了,这大大降低预后效果。所以,非常迫切需要为LC患者开发更多新的诊断性生物标志物,以能更早被发现确诊,及早治疗,提高LC患者的存活率。 研究思路
GenCLiP3,http://ci.smu.edu.cn/genclip3/analysis.php Cytoscape,https://cytoscape.org/
starBase v2.0,http://starbase.sysu.edu.cn/starbase2/index.php
研究结果 首先,作者构建了LC的共表达模块,得出以下结果。 在共表达粉红色模块中做富集分析,得出以下结果: 同样也在共表达粉红色模块中用了STRING做PPI和GO分析,得出这样的结果: LncRNA-RNA 结合蛋白-mRNA 和 LncRNA-miRNA-mRNA网络分析,得出这样的结果: qRT-PCR验证survival-related lncRNA和hub mRNA的表达,包括8个lncRNA和12个hub mRNA,得出以下的结果。 |