单细胞RNA测序(scRNA-seq)是鉴定样本中单个细胞转录组的主流方法。为了确保人们在实验过程中使用最佳方法,由西班牙国家基因组分析中心(CNAG-CRG)领导的国际研究团队对13种单细胞RNA测序方法开展了性能评估。 他们评估的单细胞RNA测序方法包括:CEL-Seq2、MARS-Seq、Quartz-Seq2、gmcSCRB-Seq、Smart-Seq2、ddSEQ、ICELL8、C1HT-Small、C1HT-Medium、Chromium、Chromium(sn)、Drop-seq以及inDrop。这些都是耳熟能详的单细胞RNA测序方法。 研究人员根据检测细胞图谱和标志物表达的精确度来评估这些方法。他们使用了六个关键指标:基因检测、转录特征表达的总体水平、细胞簇的准确性、分类概率、数据整合后的细胞簇准确性以及可混合性。 通过这些研究,他们发现日本理化学研究所(RIKEN)开发的Quartz-Seq2方法很准确,在基准测试中得分最高,紧随其后的是CEL-Seq2和Chromium。开发Quartz-seq2的负责人Itoshi Nikaido称:“我们很高兴我们的方法被评为整体最佳。我们计划进一步改进它,以便人们能够在人类细胞图谱等项目中取得最佳结果。” 领导这项研究的西班牙科学家Holger Heyn博士表示:“这些方案表现出明显的性能差异,我们希望这项工作有助于制定标准和指南,从而有助于人类细胞图谱及单细胞研究界生成高质量的数据集。” |