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RNA 样本量少? m6A RNA 甲基化测序,看我的!
2019-11-18 14:08   点击次数: 关键词: 微量 meRIP-seq m6A-seq

RNA 甲基化是表观遗传学的重要内容之一, 其中 m6A (N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是 mRNA中 普遍存在的核苷酸修饰。m6A 是一种动态可逆的修饰方式,在转录后调控中发挥作用,其在调控 mRNA 可变剪切、翻译、稳定性、控制 mRNA 寿命和降解、介导 miRNA 加工等方面扮演重要角色,具有重要的研究意义。

目前,对 RNA 中 m6A 修饰主要是通过 meRIP-seq,即 m6A-seq 高通量测序技术进行研究。然而常规的 meRIP-seq 需要较大的样本起始量(>300 μg),限制了组织或细胞 RNA 得率少时对 m6A 的研究。华银健康高通量测序检测中心最近研发的微量 meRIP-seq 技术,通过技术优化,大幅降低 meRIP-seq 的样本要求量,总 RNA 量低至 500 ng 即可满足实验要求,而且可以同时检测 mRNA, lncRNA 的甲基化修饰谱,帮助研究人员对 RNA 转录后甲基化修饰图谱进行全面研究。

我们的优势
样本要求

样本来源:人、大小鼠,其他物种需评估
样本类型:细胞、组织、RNA
样品量:
a) 细胞>5×106
b) 组织>10~20mg
c) RNA:500 ng~20 μg (OD260/280:1.8~2.2; 28S:18S>1,RIN>6.5; RNA 无明显降解)
注:具体样本量可根据细胞和组织的 RNA 得率进行调整;样本处理和寄送条件请咨询当地销售经理。

测序方案

 
测序平台 测序模式 数据量(/样)
Illumina 平台 PE150 meRIP-seq 
10G Total data
对照 RNA-seq 组
10G Total data



技术流程
 

案例分享

芝加哥大学 Chuan He 与 Yu-Ying He 课题组 7 月 3 日共同发表在 nature communications 的重要文章。这篇文章揭示了去甲基化酶 FTO 的 m6A-mRNA 去甲基化促进黑素瘤生长并降低对抗 PD-1 阻断免疫疗法的反应。

 
黑色素瘤是美国最致命的人类癌症之一,虽然抗 PD-1 阻断免疫疗法使越来越多的黑色素瘤患者受益,然而超过一半的患者对免疫治疗没有持久的反应。过去的研究中,黑色素瘤在分子和细胞水平的研究取得了巨大进展,然而总体而言,我们对黑色素瘤的发展和治疗反应的分子机制的了解仍然有限。

本研究首先发现人黑色素瘤细胞中 FTO 表达增加,且促进了小鼠黑素瘤的肿瘤发生。FTO 敲低后,利用 Dot blot 发现黑色素瘤细胞系中 m6A 水平上升,且 FTO 敲低对细胞的影响能够被 METTL3/14 敲低遏制,表明 FTO 功能受m6A修饰调控。利用 MeRIP-seq 发现,敲除FTO可增加基因 5’UTR 和 3’UTR 的甲基化水平,和 m6A 修饰的基因数。另外 MeRIP-seq 结合 m6A IP qPCR 发现,敲除 FTO 可减少 PD-1,CXCR4 和 SOX10 这些黑色素瘤促癌因子的表达,m6A 水平上升。qPCR 和 WB 也印证了敲低 FTO 能降低黑色素瘤细胞中 PD-1,CXCR4 和 SOX10 的 mRNA 和蛋白表达量,同时敲低 METTL3 和 METTL14 可以逆转FTO的功能。FTO 是通过自噬和 NF-κB 途径由代谢饥饿应激诱导表达。敲低 FTO 促进 IFNg 刺激下的细胞死亡和生长受阻,使黑色素瘤细胞对干扰素 γ(IFNγ)敏感,并使黑色素瘤对小鼠的抗 PD-1 治疗敏感,表明 FTO 抑制与抗 PD-1 阻断剂的组合可能会降低黑色素瘤对免疫疗法的耐药性。


文献来源:
Seungwon Yang. et al. m6A mRNA demethylase FTO regulates melanoma tumorigenicity and response to anti-PD-1 blockade. Nature Communications. (2019) 10:2782.


 
华银健康高通量测序检测中心
 
华银健康高通量测序检测中心定位于科研服务与临床医学转化应用,致力于生物医学各领域的相关研究与测序大数据联合分析,为各大高校、医院和科研单位提供医学科研项目的实验设计、测序方案和数据分析为一体的一站式服务。形成以临床应用为导向的转化医学中心,力争为客户提供专业、快速的临床医学检测服务。

目前,华银健康高通量检测中心拥有 Illumina 和 Thermo Fisher 等高通量测序仪组成的大规模高通量测序服务平台,科研服务可提供涵盖外泌体组学、免疫组学、基因组学、转录组学、微生物组学、蛋白组学和代谢组学等各种测序服务和高级生物信息分析服务;临床检测服务包括遗传性肾病全谱基因检测、临床病原微生物检测、肿瘤分子病理检测等服务。

 

如需了解更多有关高通量测序相关信息,欢迎拨打华银健康高通量全国服务热线:400-100-8786
邮箱:huayinngs@huayinlab.com
官网:www.huayinlab.com

 

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