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组织细胞环状DNA测序
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云序生物
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环状DNA形成的机理
云序组织细胞环状DNA测序服务(Circle-seq),采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA,极大地提高了环状DNA的检出率。富集后,通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环状DNA生信流程,实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。
云序优势环状DNA检出率高:采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。专业的生物信息学分析:专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,满足客户的各类深入数据分析需求。一站式服务:客户只需提供细胞、组织或基因组DNA,云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。
样本要求样品类型:细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。样品量:a)细胞 2×107b)组织 200 mgc)DNA:>=10 µg,溶于无菌水或 TE(PH = 8)(OD 260/280值应在1.7~2.0 之间;RNA 应该去除干净;不得有其它个体或其它物种的DNA污染)。样品运输及保存:样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输,DNA可用冰袋运输。样品保存:细胞样品或新鲜组织块切块,液氮冻存后-80℃保存;DNA样品短期内可-20℃,避免反复冻融。
数据分析(下列有 * 表示个性化分析)
7.染色体分布*
案例2:癌基因与邻近增强子的环化共扩增原文:Morton AR, Do gan-Artun N, Faber ZJ, et al. Functional enhancers shape extrachromosomal oncogene amplifications. Cell. 2019 Nov 27;179(6):1330-1341期刊:Cell 影响因子:36.22本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了癌基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件,研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征,EGFR基因案例表明肿瘤细胞中的癌基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强,是一个十分有效的促癌机制。总之,这项研究综合利用各项计算分析和实验手段,首次揭示了增强子在癌基因环化扩增介导的促癌效应中所发挥的重要作用,这一机制也为抗肿瘤和诊断提供新的方向和理论依据。
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