极端混池分析(BSA)
极端混池分析,又叫混合分组分析(bulk segregant analysis, BSA):是指对所研究的表型性状,选择表型性状差异显著的两个亲本构建表型分离群体,在分离群体子代中选择极端表型的一定数量的个体,分别混合构建 DNA池(子代池),与两个亲本同时进行基因组重测序,通过比较两个子代池之间基因突变频率的差异,定位目的基因所在的染色体候选区间,并对该区间内的基因做功能注释,实现性状决定基因的快速定位。
BSA适用于有参考基因组的,质量性状或有主效基因的数量性状(例如,植物抗病性)以及单一性状研究的遗传群体(F2、RIL、DH、BC等)做功能基因初定位。
服务优势
周期短、定位准、性价比高
与传统的图位克隆相比,耗时短、成本低、定位更准确
丰富的建库经验,优秀的建库质量
多年文库构建技术沉淀,具有复杂样品处理能力和丰富的建库经验;
临床数据质量与数量相结合,已成功完成拟南芥、水稻、玉米等多个物种突变体定位项目
CLIA 认证实验室,5S 实验规范管理,多套计算集群,保证数据产出质量和分析速度,助力诸多客户发表上千篇高水平文章;
专业个性化的生物信息分析
专业成熟的生物信息分析团队,据物种基因组大小、复杂度和研究目的,选择不同的分析策略,灵活进行定制化信息分析;
结果展示
图 | 连锁定位图
常见问题
1.没有亲本是否可以做MBS?
可以做,但是有风险。可以获得连锁区域,但是不能获得候选基因。
2.没有基因组信息的物种可以做MBS吗?
不可以。MBS项目要求染色体级别的基因组,且有详细的注释信息。
3.如何判断是质量性状还是数量性状?
质量性状的表型服从二项分布,或者说只有两种表型的性状,可以将两种表型定义为有、无。如叶色:绿色、紫色,绿色为野生型,紫色为突变型,可以理解为绿色为无、紫色为有。数量性状的表型呈现出连续分布的状态,如身高、体重、籽粒的长宽等。
4.质量性状是否可以只测突变型子代混池?
可以,但是会降低定位精确度。
5.提取子代DNA时应当先混后提,还是先提后混?
二者都可以。考虑测序效果的话,是将个体先抽提再混合;考虑成本的话,则是将等量的组织先混合再抽提。
6.子代群体规模不够,应该优先取极端还是优先取数量?
建议优先取极端。表型准确比数量更重要,背景表型干扰对数据本身影响较大。如果极端表型个体太少,建议扩大群体 。
7.定位效果不理想的原因是什么?
影响因素很多,主要有以下几点:
1)亲本之间遗传背景差异比较大,除目标性状外,还有很多其他差异,对定位分析有较大干扰,难以定位;
2)性状统计复杂,目标性状可能是由多个简单性状构成,可以考虑拆分性状,重新定位;数量性状本身定位难度也比
较高,具有一定不可控性;
3)测序数据有污染,可以通过抽取部分测序数据在nr库里做blast,检查比对结果;
4)分析方法不同,可以分别用其他分析方法(如ED法和snp-index法)进行定位,比较定位结果。
8.定位区间如何进一步缩小?
使用亲本设计Indel/SNP标记或增加测序深度。