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单细胞ATAC测序
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武汉康测科技有限公司
(一)文库制备
10x scATAC-seq基于GemCode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放DNA片段,并在片段末端加上标签;GEMs破裂后,回收带有标签的DNA,构建文库;最后,利用Illumina测序平台对文库进行高通量测序。
1.单细胞分辨率下的表观基因组研究
2.低线粒体reads数(例如,GM12878细胞<2%)
3.每个通道可捕获500-10000个核(每个芯片8个通道)
4.65%的核捕获率
5.细胞系、原代细胞、新鲜和冷冻保存的样品均兼容
6.每个细胞的染色质开放状态分析和可视化分析
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