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    宏转录组测序

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    宏转录组测序

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      宏转录组测序是指以环境中微生物的全部RNA为研究对象,从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律;也即从转录水平研究复杂微生物群落变化,研究各个微生物成员对整体环境的贡献,即各微生物的功能和功能间的相互作用所带来的调控机制。相较于宏基因组,宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因、差异表达的基因及其功能以及代谢通路的构建。

      技术优势:
      1. 宏转录组研究采用先进的测序平台;
      2. 高通量覆盖可全面检测生态环境中的微生物信息;
      3. 充分挖掘样品中存在的微生物多样性及动态变化情况;
      4. 广泛应用于肠道内容物、土壤、水体等研究中。
      分析内容:
      测序数据质量评估:过滤掉低质量数据,保证数据质量
      基因预测:基因预测及相关性分析
      物种、功能注释:物种、基因功能注释及相关分析
      CAG(Co-abundance genes):疾病和菌株关联研究
      CNV(copy number variation) 菌株拷贝数变异与疾病关联研究
      ARDB:耐药基因相关分析
      噬菌体:噬菌体及前噬菌体预测及分析

      样品要求:
      1.  样品类型:总RNA;
      2.  样品浓度:≥200 ng/ul;
      3.  样品总量:≥3ug;
      4.  样品纯度:OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0;无基因组DNA污染;


       

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