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转录组（mRNA/LncRNA/circRNA)

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转录组（mRNA/LncRNA/circRNA)

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mRNA
主要研究策略：1.收集癌组织以及癌旁组织，并提取其mRNA；2.将癌旁和癌组织中的mRNA进行对比，筛选两组之间的差异表达基因mRNA；3.通过生物信息学如GO功能分析了解差异基因富集在某种生物学功能、途径以及其定位；KEGG pathway分析差异mRNA其在癌症通路中的相关通路；4.找到mRNA分子作为肿瘤的致癌基因或抑癌基因；5.优点：与临床相结合，科研成果对药物研究如抑制剂的开发具有指导作用，易发文章。

主要分析内容：
1. 测序数据过滤以及参考基因组对比；
2. 新转录本预测以及差异表达基因检测；
3. 差异表达基因维恩图分析、层次聚类分析；
4. 差异表达基因GO功能分析、 Pathway功能分析。
技术参数：
1. 样本类型：组织、细胞、血液等；
2. 测序策略：HiSep PE 150
LncRNA
主要研究策略：
1.编码蛋白的基因上游启动子区转录，干扰下游基因的表达；
2.抑制RNA聚合酶Ⅱ或介导染色质重构以及组蛋白修饰，影响下游基因（蓝色）的表达；
3.与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，干扰mRNA的剪切，形成不同的剪切形式；
4..与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA；
5.与特定蛋白质结合，lncRNA转录本可调节相应蛋白的活性；
6.作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体；
7.结合到特定蛋白质上，改变该蛋白质的细胞定位：
8.作为小分子RNA（如miRNA、piRNA）的前体分子。

主要分析内容：
1. 数据产出统计和质量评估；
2. 序列比对与拼接；
3. lncRNA表达丰度统计与表达水平分析；
4. 差异性lncRNA的筛选及验证；
5. 预测结合的mRNA；
6. GO富集及KEGG分析。
技术参数：
1.样本类型：组织、细胞、全血等；
2.测序策略：HiSep PE 150
circRNA
主要研究策略：
1.收集对照组和实验组的样本，提取circRNA并经进行测序分析；
2.将对照组和实验组中circRNA进行对比，筛选出有差异的circRNA；
3.通过生物信息学分析差异circRNA与上游miRNA的结合位点以及miRNA下游靶基因，同时可分析circRNA在组织中的特异性以及采用GO/KEGG pathway分析circRNA与通路的相关性；
4.筛选与疾病或药物作用相关的circRNA。

主要分析内容：
1. 数据产出统计和质量评估；
2. reads与参考序列对比；
3. 表达丰度统计与表达水平分析；
4. 差异性circRNA的筛选及验证；
5. 预测结合的miRNA；
6. circRNA来源基因分析以及miRNA靶基因筛选；
7. GO富集及KEGG分析。
技术参数：
1.样本类型：组织、细胞、全血等；
2.测序策略：HiSep PE 150
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