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      宏基因组学 (metagenomics) 是一种以特定环境样品中的微生物群体基因组为研究对象。通过对环境样品中的total DNA进行高通量测序,用以研究微生物多样性、种群结构、进化关系、基因功能等。 

      技术路线 :
      基因组DNA,样本总量≥3 μg,样本浓度:≥50 ng/μL
      测序策略:HiSeq PE150,推荐测序数据量:5G clean data
      项目周期:45-60个工作日


      生物信息分析内容:
      1、数据质控;
      2、序列组装;
      3、基因预测及非冗余基因集构建;
      4、非冗余基因集功能注释(Nr注释、COG功能注释、KEGG代谢通路注释等);
      5、基于SSU序列或直接基于reads binning物种分类统计;
      6、基于非冗余基因集或者直接基于reads binning功能构成分类统计;
      7、基于多样本物种组成多样性分析(Alpha多样性分析、Beta多样性分析以及LEfSe分析等);
      8、优势物种的基因组独立分析



       

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