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    16S&18S&ITS扩增子测序

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    16S&18S&ITS扩增子测序

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      扩增子测序是指通过对环境样品,用特定引物进行PCR扩增后,对特定长度的PCR产物进行测序的过程。根据不同的研究目的和需求,扩增子测序主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS测序。

       

      16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列,存在于所有细菌染色体基因中。共包括9个可变区和10个保守区,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。通过对16S rDNA中某个可变区进行测序,可以对特定环境下的细菌和古菌进行微生物群落多样性的鉴定。

       

      18S rDNA是编码真核生物核糖体小亚基rRNA(18SrRNA)的DNA序列,序列中既有保守区又有可变区。由于18SrDNA在进化速率上比较保守,可以检测特定环境下的真菌群落多样性。

       

      内转录间隔区ITS是位于真菌核糖体DNA(rDNA)上18S 和28S 基因之间的区域片段,主要包括内转录间隔区1(ITS1)、5.8S rDNA、内转录间隔区2(ITS2),其两侧分别是18S RNA 基因和28S RNA 基因。ITS序列由于选择压力小,因此在进化过程中能够承受更多的变异,也可用于检测特定环境下的真菌群落多样性。

      技术参数:

      样本类型:基因组DNA,样本总量≥2 μg,样本浓度:≥50 ng/μL
      PCR产物,样本总量≥400ng,样本浓度≥20 ng/μL
      测序策略:HiSeq PE250,推荐测序数据量:3万条Tags
      项目周期:40个工作日

       

      生物信息分析内容:

      1、数据质控;
      2、Paired-end reads拼接成Tags;
      3、去除嵌合体;
      4、OTUs聚类及物种注释;
      5、物种组成和丰度统计;
      6、Alpha多样性分析;
      7、Beta多样性分析;
      8、主成分分析(PCA分析)/主坐标分析(PCoA分析);
      9、多元统计分析(T-test、Metastat分析、LEfSe分析、Anosim和MRPP分析)



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