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    微生物基因组denovo测序

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    微生物基因组denovo测序

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      细菌denovo测序

      细菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序,样品基因组测序后从头开始组装。根据物种本身的特点和测序深度的不同,最终的组装结果会存在一定的差异。对于细菌样品,最高可组装成一条完整的序列。根据组装结果,可预测细菌基因组中包含的基因,通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。在病原菌的致病性、疾病的预防和治疗等方面有广泛的应用。

      根据不同的研究目的与需求,以及不同的组装程度需求,细菌基因组测序提供以下两种产品类型:细菌框架图、细菌完成图。


      技术路线:

      技术参数:

       
        细菌框架图 细菌完成图
      样本类型 基因组DNA 基因组DNA
      总量、浓度要求 m≥2 μg,c≥50 ng/μL m≥30 μg,c≥100 ng/μL
      测序平台 HiSeq PE150 PacBio为主,与HiSeq等其他平台结合
      测序策略 ≥200X 小片段文库(350bp)≥100X
      大片段文库(10K)≥100X
      建库策略 小片段文库(350bp) 小片段文库(350bp)+大片段文库(10K)
      指标 初级组装 1 contig,0 gap
      项目周期 30个工作日 60个工作日



      生物信息分析内容

      1. 数据质控
      2. Denovo组装
      3. 基因组组分分析(基因岛、重复序列、非编码RNA、基因预测、CRISPR、前噬菌体)
      4. 基因功能注释(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
      5. 致病性分析(分泌蛋白预测、PHI、VFDB、ARDB、CAZy)
      6. 比较基因组分析(共线性分析、Core-pan分析、进化分析)

       
      真菌denovo测序
      真菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序,样品基因组测序后从头开始组装。对于真菌样品,由于基因组较大且比较复杂,推荐先对真菌样品进行初级组装,再根据初级组装的结果进行高级组装,以提高组装质量。根据组装结果,可预测真菌基因组中包含的基因,通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。真菌基因组测序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的应用。

      根据不同的研究目的与需求,以及不同的组装程度需求,真菌基因组测序提供以下两种产品类型:真菌框架图、真菌精细图。

      技术路线:

      技术参数:

       
        真菌框架图 真菌精细图
      样本类型 基因组DNA 基因组DNA
      总量、浓度要求 m≥2 μg,c≥50 ng/μL m≥30 μg,c≥100 ng/μL
      测序平台 HiSeq PE150 PacBio为主,与HiSeq等其他平台结合
      测序策略 ≥100X 小片段文库(350bp)≥100X
      大片段文库(10K)≥100X
      建库策略 小片段文库(350bp) 小片段文库(350bp)+大片段文库(10K)
      指标 初级组装 简单基因组,Scaffold N50≥500K
      复杂基因组,Scaffold N50≥300K
      项目周期 30个工作日 60个工作日


      生物信息分析内容:

      1、数据质控

      2、Denovo组装
      3、基因组组分分析(基因预测、重复序列、非编码RNA)
      4、基因功能注释(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
      5、致病性分析(分泌蛋白预测、PHI、细胞色素P450、CAZy)
      6、比较基因组分析(共线性分析、Core-pan分析、进化分析)



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