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    微生物基因组denovo测序

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    微生物基因组denovo测序

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      细菌denovo测序

      细菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序，样品基因组测序后从头开始组装。根据物种本身的特点和测序深度的不同，最终的组装结果会存在一定的差异。对于细菌样品，最高可组装成一条完整的序列。根据组装结果，可预测细菌基因组中包含的基因，通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。在病原菌的致病性、疾病的预防和治疗等方面有广泛的应用。

      根据不同的研究目的与需求，以及不同的组装程度需求，细菌基因组测序提供以下两种产品类型：细菌框架图、细菌完成图。


      技术路线：

      技术参数：

       
        细菌框架图 细菌完成图
      样本类型 基因组DNA 基因组DNA
      总量、浓度要求 m≥2 μg，c≥50 ng/μL m≥30 μg，c≥100 ng/μL
      测序平台 HiSeq PE150 PacBio为主，与HiSeq等其他平台结合
      测序策略 ≥200X 小片段文库（350bp）≥100X
      大片段文库（10K）≥100X
      建库策略 小片段文库（350bp） 小片段文库（350bp）+大片段文库（10K）
      指标 初级组装 1 contig，0 gap
      项目周期 30个工作日 60个工作日



      生物信息分析内容：

      1. 数据质控
      2. Denovo组装
      3. 基因组组分分析（基因岛、重复序列、非编码RNA、基因预测、CRISPR、前噬菌体）
      4. 基因功能注释（COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot）
      5. 致病性分析（分泌蛋白预测、PHI、VFDB、ARDB、CAZy）
      6. 比较基因组分析（共线性分析、Core-pan分析、进化分析）

       
      真菌denovo测序
      真菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序，样品基因组测序后从头开始组装。对于真菌样品，由于基因组较大且比较复杂，推荐先对真菌样品进行初级组装，再根据初级组装的结果进行高级组装，以提高组装质量。根据组装结果，可预测真菌基因组中包含的基因，通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。真菌基因组测序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的应用。

      根据不同的研究目的与需求，以及不同的组装程度需求，真菌基因组测序提供以下两种产品类型：真菌框架图、真菌精细图。

      技术路线：

      技术参数：

       
        真菌框架图 真菌精细图
      样本类型 基因组DNA 基因组DNA
      总量、浓度要求 m≥2 μg，c≥50 ng/μL m≥30 μg，c≥100 ng/μL
      测序平台 HiSeq PE150 PacBio为主，与HiSeq等其他平台结合
      测序策略 ≥100X 小片段文库（350bp）≥100X
      大片段文库（10K）≥100X
      建库策略 小片段文库（350bp） 小片段文库（350bp）+大片段文库（10K）
      指标 初级组装 简单基因组，Scaffold N50≥500K
      复杂基因组，Scaffold N50≥300K
      项目周期 30个工作日 60个工作日


      生物信息分析内容：

      1、数据质控

      2、Denovo组装
      3、基因组组分分析（基因预测、重复序列、非编码RNA）
      4、基因功能注释（COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot）
      5、致病性分析（分泌蛋白预测、PHI、细胞色素P450、CAZy）
      6、比较基因组分析（共线性分析、Core-pan分析、进化分析）


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