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    10x Genomics Chromium Single cell 3'单细胞转录组测序

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    10x Genomics Chromium Single cell 3'单细胞转录组测序

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    • 晶能生物,8台10x Genomics仪器,服务全国!
      正确揭开复杂群体异质性的关键是能够分辨单个细胞。
      Chromium单细胞 3’可进行1,000至10,000 个单细胞转录组分析


      >技术原理 Single Cell 3'

      GEM在一个八通道的微流体芯片中产生,大约可形成10万个。每个凝胶珠带有大约750,000个设计好的序列。
      每条序列分别包含:
      (i) Illumina P7 and R2 sequence (read 2 sequencing primer)
      (ii) 16bp 10x Barcode
      (iii) 10bp randomer to index molecules (unique molecular identifier, UMI)
      (iv) poly-dT primer sequence

       
      GEM形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列,随后mRNA逆转录为cDNA。
      油滴破碎,cDNA为模板进行PCR扩增,然后进行cDNA打断、加测序接头P5及测序引物R1等传统二代测序的建库过程。
      (图片来源:10x Genomics ChromiumSingleCell3’SolutionApplication)

      >技术优势
      • 一次测序可同时上8个样本,每个样本可捕获几千个细胞;
      • 相对于其他平台,单细胞测序的成本较低;
      • 适合研究复杂的细胞群体;
      • 无需分选细胞,就可以实现单细胞测序

      >样本要求
      • 细胞状态
      单细胞悬浮液(细胞悬浮液由客户自己制备),悬浮液中细胞不能成团,少碎片,存活率>90%,细胞直径<30µm;不能存在逆转录抑制剂及非细胞的核酸分子。
      • 细胞数量
      总量>2×105个,同一个细胞平行准备2份(1份质检,1份实验)
      • 细胞运输
      细胞在冻存液中,利用干冰保护运输,请先预估运输时间,确保运输过程中有足够的干冰(有条件的客户用液氮运输为最佳)。

      >生物信息学分析
      • 细胞聚类;
      • 差异基因筛选;
      • 差异基因功能分析:差异表达基因GO功能分析、差异表达基因KEGG Pathway功能分析、蛋白质相互关系网络分析、转录因子分类分析。

      >应用方向
      • 细胞群的分类研究;
      • 大量细胞表达谱的检测;
      • 区分细胞类型组成或细胞状态的差异:如肿瘤细胞异质性,病理诊断,细胞周期;
      • 利用升级的单细胞RNA表达谱测序解析分子调控网络:可与CRISPR技术结合。

      >我们的优势
      • 多家重点合作单位;
      • 处理过多种细胞,有丰富的建库经验-人、小鼠或其他物种的培养细胞或组织细胞,包括PBMC、神经细胞、肿瘤细胞、骨髓细胞、胚胎细胞、免疫细胞、干细胞等等;
      • 提供个性化服务-带仪器上门服务,完成10x单细胞建库;根据您的需求进行个性化分析。

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