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    10x Genomics Chromium 3'单细胞转录组测序

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    10x Genomics Chromium 3'单细胞转录组测序

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    • 入驻年限  9年
    • 上海市漕河泾开发区漕宝路401号3号楼4B

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      晶能生物,12台10x Genomics仪器,服务全国!
      单细胞水平的高通量基因表达谱分析
      对复杂细胞群体深入分析,表征单个细胞的表达谱。
      可同时检测CRISPR干扰、细胞表面蛋白,
      避免单个细胞的异质性生物学信息被大量细胞的均质化掩盖。


      >技术原理 Single Cell 3'

      GEM在一个八通道的微流体芯片中产生,大约可形成10万个。每个凝胶珠带有大约750,000个设计好的序列。
      每条序列分别包含:
      (i) Illumina P7 and R2 sequence (read 2 sequencing primer)
      (ii) 16bp 10x Barcode
      (iii) 10bp randomer to index molecules (unique molecular identifier, UMI)
      (iv) poly-dT primer sequence

       
      GEM形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列,随后mRNA逆转录为cDNA。
      油滴破碎,cDNA为模板进行PCR扩增,然后进行cDNA打断、加测序接头P5及测序引物R1等传统二代测序的建库过程。
       
      (图片来源:10x Genomics ChromiumSingleCell3’SolutionApplication)

      >技术优势
      (i)   一次测序可同时上8个样本,每个样本可捕获几千个细胞;
      (ii)  相对于其他平台,单细胞测序的成本较低;
      (iii) 适合研究复杂的细胞群体;
      (iv) 无需分选细胞,就可以实现单细胞测序

      >样本要求
      细胞状态
      单细胞悬浮液(细胞悬浮液由客户自己制备),悬浮液中细胞不能成团,少碎片,存活率>90%,细胞直径<30µm;不能存在逆转录抑制剂及非细胞的核酸分子。
      细胞数量
      总量>2×105个,同一个细胞平行准备2份(1份质检,1份实验)
      细胞运输
      细胞在冻存液中,利用干冰保护运输,请先预估运输时间,确保运输过程中有足够的干冰(有条件的客户用液氮运输为最佳)。

      >生物信息学分析



      >应用方向



      > 延伸应用
      Single Cell Gene Expression 和 Cell Surface Proteins技术联合
      联合优势
      >>>测量细胞表面蛋白标记物、剪接亚型和翻译后修饰,以识别细胞类型和状态,并检测罕见的细胞类型
      >>>检测RNA水平难以测量的标记物
      >>>评估mRNA和蛋白表达谱的差异
      >>>与单独的转录组测量相比,获得更详细的细胞表型特征
       
      应用方向
      癌症
      >>>研究癌症的发病途径和其他复杂的生物系统
      >>>识别不同类型癌症的生物标志物
      >>>基于蛋白质和/或转录本的癌症药物开发
      >>>更全面的肿瘤微环境分析
       
      免疫学
      >>>研究受体、细胞、应答细胞数量水平上的机制
      >>>研究淋巴细胞与靶细胞之间的动态相互作用
      >>>T细胞基因工程和基于TCR的融合蛋白筛选
      >>>开发有效的接种疫苗 (抗体筛选)
       
      神经科学与传染病
      >>>发现罕见的细胞类型和新的生物标记
      >>>更完整的通路和细胞信号分析
       
      人体细胞图谱/组织编目
      >>>增强组织和器官的表型
      >>>构建更完整的框架以更好地了解疾病状态


      >我们的优势

      (i)   多家重点合作单位;
      (ii)  处理过多种细胞,有丰富的建库经验-人、小鼠或其他物种的培养细胞或组织细胞,包括PBMC、神经细胞、肿瘤细胞、骨髓细胞、胚胎细胞、免疫细胞、干细胞等等;
      (iii) 提供个性化服务-带仪器上门服务,完成10x单细胞建库;根据您的需求进行个性化分析。
                (持续更新中)

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