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Chromium Single cell 3'单细胞转录组测序

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Chromium Single cell 3'单细胞转录组测序

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  • 商家诚信度 
  • 入驻年限  9年
  • 上海市漕河泾开发区漕宝路401号3号楼4B

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  • 正确揭开复杂群体异质性的关键是能够分辨单个细胞。
    Chromium单细胞 3’可进行1,000至10,000 个单细胞转录组分析


    >技术原理 Single Cell 3'

    GEM在一个八通道的微流体芯片中产生,大约可形成10万个。每个凝胶珠带有大约750,000个设计好的序列。
    每条序列分别包含:
    (i) Illumina P7 and R2 sequence (read 2 sequencing primer)
    (ii) 16bp 10x Barcode
    (iii) 10bp randomer to index molecules (unique molecular identifier, UMI)
    (iv) poly-dT primer sequence

     
    GEM形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列,随后mRNA逆转录为cDNA。
    油滴破碎,cDNA为模板进行PCR扩增,然后进行cDNA打断、加测序接头P5及测序引物R1等传统二代测序的建库过程。
    (图片来源:10x Genomics ChromiumSingleCell3’SolutionApplication)

    >技术优势
    • 一次测序可同时上8个样本,每个样本可捕获几千个细胞;
    • 相对于其他平台,单细胞测序的成本较低;
    • 适合研究复杂的细胞群体;
    • 无需分选细胞,就可以实现单细胞测序

    >样本要求
    • 细胞状态
    单细胞悬浮液(细胞悬浮液由客户自己制备),悬浮液中细胞不能成团,少碎片,存活率>90%,细胞直径<30µm;不能存在逆转录抑制剂及非细胞的核酸分子。
    • 细胞数量
    总量>2×105个,同一个细胞平行准备2份(1份质检,1份实验)
    • 细胞运输
    细胞在冻存液中,利用干冰保护运输,请先预估运输时间,确保运输过程中有足够的干冰(有条件的客户用液氮运输为最佳)。

    >生物信息学分析
    • 细胞聚类;
    • 差异基因筛选;
    • 差异基因功能分析:差异表达基因GO功能分析、差异表达基因KEGG Pathway功能分析、蛋白质相互关系网络分析、转录因子分类分析。

    >应用方向
    • 细胞群的分类研究;
    • 大量细胞表达谱的检测;
    • 区分细胞类型组成或细胞状态的差异:如肿瘤细胞异质性,病理诊断,细胞周期;
    • 利用升级的单细胞RNA表达谱测序解析分子调控网络:可与CRISPR技术结合。

    >我们的优势
    • 多家重点合作单位-包括神经所、生化所、瑞金医院、浙江大学、深圳第二人民医院、南方科技大学等;
    • 处理过多种细胞,有丰富的建库经验-人、小鼠或其他物种的培养细胞或组织细胞,包括PBMC、神经细胞、肿瘤细胞、骨髓细胞、胚胎细胞、免疫细胞、干细胞等等;
    • 提供个性化服务-带仪器上门服务,完成10x单细胞建库;根据您的需求进行个性化分析。

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