首页 / 技术服务 / LncRNA功能机制研究

我的询价

询价列表

暂时没有已询价产品

inquiry icon 快捷询价
    当你希望让更多商家联系你时,可以勾选后发送询价,平台会将你的询价消息推荐给更多商家。
    个人名片

    编辑个人名片

    编辑
    yanxuan

    关注「丁香通研选」

    微信及时获得商家回复,

    获得更多交易信息和保障。

    LncRNA功能机制研究

    收藏

    LncRNA功能机制研究

    丁香通用户服务中心 查看详情

      • 规格:

        询价

        非编码RNANon-coding RNA)是指不编码蛋白质的RNA。其中包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA 、microRNA 和lncRNA等多种已知功能的 RNA,还包括未知功能的RNA。
        长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类长度>200bp的RNA,由RNA聚合酶Ⅱ转录,lncRNA具有保守的二级结构,大部分不编码蛋白质。LncRNA发挥功能的方式很广,可以与蛋白、DNA和RNA相互作用,参与多种生物学过程的调控。主要包括基因组表观遗传修饰、调控转录后翻译、发挥ceRNA、增强子RNA作用等,从而对细胞的增殖、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用。

      金开瑞提供的非编码RNA服务:miRNA、lncRNA、tRFs

      研究方案(以lncRNA为例)
      1、采用二代测序或芯片技术找出不同组样本差异表达的lncRNA
             
      图1. LncRNA 差异表达聚类结果及差异表达火山图

      2、lncRNA/miRNA筛选验证
      采用RT-PCR或者qRT-PCR检测lncRNA/miRNA在不同组织和细胞中的表达水平。
       
      图2. PVT1和 miRNA在宫颈癌组织中的表达
      (Iden, M.et al.The lncRNA PVT1 Contributes to the Cervical Cancer Phenotype and Associates with Poor Patient Prognosis.PloS one.2016.May 27;11(5))

      3、细胞系鉴定
      采用对肝癌细胞(如hepG2、hep3b、huh7)STR位点和Amelogenin位点的基因分型技术,进行细胞鉴定。

      4、 lncRNA功能及下游靶标分子研究
      1)构建lncRNA/miRNA的过表达(基因敲除)稳转癌细胞株;
       
      图3. 基因过表达/敲除后单克隆细胞株的筛选
       
      图4. CRISPR/Cas9和慢病毒稳定细胞系
      2)MTT/CCK8法测定细胞生长活力;
       
      图5. 转染TP53TG1 减少了细胞的活力
      (Diaz-Lagares A, et al.Epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.)
      3)流式细胞检测细胞凋亡;
       
      图6. HCT-116 cells 稳定转染TP53TG1 24小时后检测细胞的凋亡率
      (Diaz-Lagares A, et al.Epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.)
      4)软琼脂克隆形成实验;
       
      图7. TP53TG1 抑制了HCT-116细胞的克隆形成
      (Diaz-Lagares A, et al.Epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.)
      5)细胞划痕实验;
      图8. 伤痕愈合实验检测 VIM 敲低和过表达对细胞侵袭力的影响
      (Peng Zheng,Quantitative Proteomics Analysis Reveals Novel Insights into Mechanisms of Action of Long Non-coding RNA HOTAIR in Hela Cells.MCP. 2015.)
      6)细胞体外Matrigel侵袭实验;
       
      图9. 与siCONT细胞相比,siPVT1细胞侵袭力明显降低.
      (Iden, M.et al.The lncRNA PVT1 Contributes to the Cervical Cancer Phenotype and Associates with Poor Patient Prognosis.PloS one.2016.May 27;11(5))
      7)Western blot检测肿瘤相关蛋白表达。
       
       图10. 用不同浓度的EW-7197 (0.25, 0.5, 1.25 and 2.5 μM) 处理A549-CUG2 and BEAS-CUG2 细胞24 h。免疫印迹检测 CUG2, E-cadherin, N-cadherin, and vimentin 的表达
      (Kaowinn S, Kim J, Lee J, Shin DH, et, al. Cancer upregulated gene 2 induces epithelial-mesenchymal transition of human lung cancer cells via TGF-β signaling. Oncotarget. 2016 Dec 10. )

      5、 蛋白质组学寻找调控的下游靶标分子
      应用蛋白质组学iTRAQ(SILAC,SWATH)定量方法和生物信息学找到lncRNA/miRNA调控的靶标。

      6、采用FISH技术研究lncRNA在细胞中定位分布

      7、 lncRNA作用机制研究
      7.1、采用体外转录技术,RNA pull down, LC- MS等技术手段检测与RNA互作的蛋白质。
       
      图13. RNA pull down后质谱鉴定、WB检测
      7.2 RIP验证与蛋白质结合的lncRNA或者lncRNA与miRNA的互作
      图14. AP-1蛋白与RNA的相互作用RIP
       
      图15. MS2- RIP实验原理图(表达Lnc-A的质粒富集miRNA1miRNA2的效率比不表达Lnc-A的MS2组明显提高。通过对照,说明MS2-A可以与miRNA1和miRNA2相互结合)
      7.3 双荧光素酶基因检测miRNA和lncRNA/mRNA的互作情况
      7.3.1 生物信息学预测分析
      7.3.2 双荧光素酶和RIP验证
       
      图17. 双荧光素酶和RIP验证lncRNA可以与miR-26a结合
      (C Cao, Zhang T, Zhang D, et al.The long non-coding RNA, SNHG6-003, functions as a competing endogenous RNA to promote the progression of hepatocellular carcinoma.  Oncogene. 2017 Feb 23;36(8):1112-1122. )

      8、 动物实验

      参考文献:
      1、Budhu A, Forgues M, Ye QH, et al. Prediction of venous metastases, recurrence, and prognosis in hepatocellular carcinoma based on a unique immune response signature of the liver microenvironment. Cancer Cell. 2006 Aug;10(2):99-111. 
      2、Fidler IJ. The pathogenesis of cancer metastasis: the 'seed and soil' hypothesis revisited. Nat Rev Cancer. 2003 Jun;3(6):453-8.
      3、Ocaña OH, Córcoles R, Fabra A, et al. Metastatic colonization requires the repression of the epithelial-mesenchymal transition inducer Prrx1. Cancer Cell. 2012 Dec 11;22(6):709-24.
      4、Massagué J. TGFbeta in Cancer. Cell. 2008 Jul 25;134(2):215-30. 
      5、Faghihi MA, Modarresi F, Khalil AM, et al. Expression of a noncoding RNA is elevated in Alzheimer's disease and drives rapid feed-forward regulation of beta-secretase. Nat Med. 2008 Jul;14(7):723-30.


       金开瑞-功能蛋白质组学一站式服务商:
             武汉金开瑞生物工程有限公司位于武汉国家生物产业基地,是一家专业致力于为全球制药企业、诊断试剂企业、科研试剂研发企业、高校和科研院所以及大型医院提供蛋白及相关研究技术服务的高新技术企业。六大核心技术平台、专业技术团队,最大程度保证您的项目按时保质的实施。
      蛋白质组分析平台——iTRAQ、SWATH、SILAC、Label-free、修饰蛋白质组,涵盖各种特殊样本(线粒体、膜蛋白、石蜡包埋等);
      检测分析平台——免疫学、细胞系、分子生物学检测、双荧光素酶报告基因;
      基因服务平台——引物合成、基因合成、DNA提取、载体构建、定点突变;
      病毒包装平台——慢病毒、腺病毒、腺相关病毒包装、稳转细胞株构建;
      蛋白表达平台——提供从基因合成到蛋白表达的一站式服务;
      抗体定制平台——单/多克隆抗体、人源化抗体、基因工程抗体、双特异性抗体、修饰抗体、诊断抗体、小分子抗体、抗体对、噬菌体服务。
      更多服务内容及优惠活动,详见公司主页:http://www.genecreate.cn/
      咨询电话:027-62431110
      E-mail:marketing@genecreate.com
      QQ:3013422302      
      更多详情请关注金开瑞微信!


       

      风险提示:丁香通仅作为第三方平台,为商家信息发布提供平台空间。用户咨询产品时请注意保护个人信息及财产安全,合理判断,谨慎选购商品,商家和用户对交易行为负责。对于医疗器械类产品,请先查证核实企业经营资质和医疗器械产品注册证情况。

    • 该产品暂未上传技术资料

      免费索取技术资料
    6 年  VIP 供应商

    武汉金开瑞生物工程有限公司

    • 联系人:

      王经理

    • 所在地区:

      武汉市东湖高新区高新大道666号

    • 业务范围:

      试剂,细胞库 / 细胞培养,技术服务

    • 经营模式:

      生产厂商

    • 联系商家:

      点击 QQ 联系

      微信二维码询价

      扫一扫微信联系

    万千商家帮你免费找货

    人在求购买到急需产品

    询价发送成功

    会在1个工作日内联系您!

    马上登录注册,即可保存询价历史

    你可能感兴趣的产品