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宏转录组测序
南京集思慧远生物科技有限公司
产品简介:
宏转录组学(Metatranscriptomics)兴起于宏基因组之后,从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律。它以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。2006年,Leiniger等首次使用454测序技术对一个复杂微生物群落的宏转录组进行研究。与宏基因组学相比较,宏转录组学能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因。
技术优势
◆ 宏转录组研究采用先进的测序平台。
◆ 高通量覆盖可全面检测生态环境中的微生物信息。
◆ 充分挖掘样品中存在的微生物多样性及动态变化情况。
◆ 广泛应用于肠道内容物、土壤、水体等研究中。
技术路线:
分析内容:
测序数据质量评估:过滤掉低质量数据,保证数据质量
基因预测:基因预测及相关性分析
物种、功能注释:物种、基因功能注释及相关分析
CAG(Co-abundance genes):疾病和菌株关联研究
CNV(copy number variation) 菌株拷贝数变异与疾病关联研究
ARDB:耐药基因相关分析
噬菌体:噬菌体及前噬菌体预测及分析
样品要求:
1. 样品类型:总RNA;
2. 样品浓度:≥200 ng/ul;
3. 样品总量:≥3ug;
4. 样品纯度:OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0;无基因组DNA污染;
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