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CLIP-紫外交联免疫沉淀技术
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CLIP-紫外交联免疫沉淀技术简介 紫外交联免疫共沉淀测序(CLIP-seq)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing),是一项在全基因组水平揭示 RNA 分子与 RNA 结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于 RNA 分子与 RNA 结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以 RNA 结合蛋白的特异性抗体将 RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的 RNA 片段,经过添加接头、RT-PCR 等步骤,对这些分子进行高通量测序,再经生物信息学的分析和处理、总结,挖掘出其特定规律,从而深入揭示 RNA 结合蛋白与 RNA 分子的调控作用及其对生命的意义。 CLIP-seq 技术由于可以高通量的研究蛋白在体内与 RNA 的结合情况,极大的促进了蛋白质-RNA 相互作用的研究。最近,这项技术也被应用到 microRNA 靶标鉴定等工作中。 在动物体内,成熟的单链miRNA 与一系列蛋白形成miRNA 诱导的沉默复合物(RISC),结合于靶 mRNA 的3"-UTR区,阻止所结合的 mRNA 的翻译或直接降解靶miRNA。基于这一原理,我们可以通过 CLIP-Seq 技术来进行 miRNA 靶基因的筛选。 CLIP-seq 方法的应用能够非常明显地降低 miRNA 结合位点的假阳性预测频率并且减小 miRNA 结合位点搜寻空间的范围。可以在全基因组范围内鉴定 AGO2 蛋白在不同 RNA 上的结合位点。
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