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测序类服务:外显子组测序技术服
测序类服务:外显子组测序技术服务
嘉美实验
实验技术简介:外显子测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的 编码序列 的高效策略,外显子测序相对于基因组重测序成本较低,对研究已知基因的 SNP 、Indel等具有较大的优势。
全外显子组( Exome)是指基因组中全部外显子区域的总和,人类的外显子组约占基因组的1%~2%,包含了蛋白质合成的重要信息,是基因行使功能最直接的体现。绝大 部分疾病或性状相关的变异位于外显子区域,与全基因组重测序相比,全外显子组测序仅针对外显子区域内部和边界区域的 DNA进行测序,覆盖度更深,数据准确性更高,可更加经济、高效地发现与疾病或表型相关的个体遗传变异及罕见突变。人全外显子组测序技术已逐步应用到单基 因致病基因和复杂疾病易感基因研究中。
实验操作流程:
1、外显子捕获采用以上三种捕获产品中的任何一种或者多种进行捕获实验。2、高通量测序样品制备样品扩增:Bridge PCR(Illumina平台)
3、上机测序Illumina系统应用了末端可逆终止测序原理,采用特殊设计的荧光标记的dNTP。 这些核苷酸3'羟基末端带有可化学切割的部分,它只容许每个循环掺入单个碱基。反应结束后激光扫描反应板表面,读取测序信号。之后,将这些基团化学切割, 恢复3'端-OH,继续聚合第二个核苷酸,如此循环下去。
4、生物信息学分析外显子测序后获得原始数据(raw reads),经过过滤去污染、比对参考基因组,获得比对到基因组上的Unique mapped reads。对数据进行标准的信息分析流程,包括对SNP、InDel等进行检测、注释和统计分析。同时对数据进行质控检测,包括测序深度、覆盖度均一性 等分析。
实验注意事项:
客户提供:
1、样品量:细胞样品请提供至少5×106个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供2μg以上的基因组DNA。2、样品质量:DNA无明显降解,OD260/280值在1.7~1.9之间,浓度≥ 50ng/μl。3、样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)用液氮速冻后,-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE(PH8.0)中,-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。4、样品运输:细胞或组织样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中,密封后,冰袋运输。
5、目的基因或转录因子的相关背景资料。
交付标准:
完整项目报告(材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果)
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