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全基因组重测序
上海惠研生物科技有限公司
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全基因组重测全基因组重测序是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序,并在个体或群体水平进行差异性分析的测序方法。全基因组重测序可以获取全部基因组变异体结构,包括点突变SNP/短插入缺失(indel),基因组重排导致的结构变异(SNV),拷贝数变异(CNV), 杂合性缺失(LOH),重复区段(SD),以及重组热点区域(Recombination Hot spots)等基因组特征和规律。全基因组重测序是最全面完整获取待研究物种样本基因组结构信息的研究策略,已经成为动植物育种、群体进化、药物研发、疾病研究和临床诊断中最为迅速而有效的方法之一; 在全基因组水平上扫描并检测与生物体重要性状相关的突变位点对分子育种研究具有重大的科研价值和产业价值。惠研生物(BioGenius)基于精确稳定的Hiseq2500高通量测序平台,凭借多年稳定信息学研究分析经验,利用基因组测序数据进行重排突变和基因组结构功能分析; 全基因组关联分析与数量性状(QTL)分析;并可整合多方面基因组学数据做关联分析,包括转录组学数据,表观组数据等,可配合比较基因组学,群体遗传学分析技术,进化分析和计算生物学分析方法深入探索感兴趣的科学问题。研究应用我们的技术优势1)拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。2)拥有Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。3)技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。4)拥有专业的生物信息团队和超算服务器,可为合作伙伴提供全面生物信息分析服务与技术支持。全基因组重测序技术服务流程提取基因组DNA后采用物理方法随机打断,选择性回收目的片段并在两端连接接头以构建测序文库,进行桥式PCR(Bridge Amplification)制备Cluster,最后使用Illumina测序平台进行双末端测序(Paired-End,PE)
全基因组重测序技术参数
1. 样品要求
样品类型:单倍体或者二倍体物种(有参考基因组序列); DNA 样品;
样品需求量(单次):小片段文库,≥ 3μg(动植物样品),≥ 6μg(人样品);
样品浓度:≥ 30 ng/μL;
样品纯度:OD260/280 =1.8~2.0。
2. 测序策略
(1) HiSeq 测序平台,PE 2X100;
(2) 推荐每个样本测序深度≥ 20X。
3. 项目执行周期
1Gb以下基因组,样本量小于10个,每个样本10X基因组覆盖度的数据,标准流程的运转周期约为50个工作日;
样本数量更多时,项目的运转周期根据项目的规模而定。
4. 技术合格指标
最终完成样品的全基因组重测序以及合同规定的信息分析内容,测序深度不低于合同规定。
BioGenius 惠研云平台,为科研工作者提供一站式生物医学大数据与临床转化服务:如实验方案(iProtocol), 实验服务,数据存储,医学统计与生物信息学自动计算分析平台,基础科研应用与转化医学解决方案,样本管理与项目管理等辅助信息系统等产品;满足从样本,实验,数据,分析到课题架构的全栈式开发服务,相应快速便捷的转化医学的研发需求。惠研云平台目前含有R语言包(>7万),Python包(>3万),Perl模块(>20万)等累计超过>500万个模块函数,满足需求、快速落地,程序自由搭建组合,并提供行业内细分领域丰富的最佳实践案例。
惠研生物科技服务内容
深耕科研领域15年国内数百家知名医疗机构信赖之选惠研生物BioGenius为客户带来基因组的实时计算服务,构建全自动化云计算平台 。目前,惠研生物联合中国科学院生命科学院与全国三甲级医院科研团队共同研发 ,基于BioGenius 探索人类健康预防与机制的科学课题,人基因组学大数据, 多项成果陆续发表登录国际知名期刊,并与国内数百家知名企业深度合作,值得信赖!
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379 人阅读发布时间:2022-04-30 18:25
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