背景介绍
基因治疗(Gene Therapy)是指将外源基因导入靶细胞,以纠正或补偿因基因缺陷或基因表达异常引起的疾病。基因治疗技术创新和临床试验在近几年如雨后春笋般涌现,多项基因治疗项目相继在中国、美国、欧盟等国家获得批准上市。基因治疗的对象也已经由单基因遗传病逐步拓展到恶性肿瘤、感染性疾病、心血管疾病、自身免疫性疾病、代谢性疾病等重大疾病。
图片来源:参考资料
而腺相关病毒(Adeno-associatedvirus,AAV)载体又是基因治疗的明星载体,是基因治疗的好帮手。AAV属于微小病毒科依赖病毒属,是目前已知的一类结构最简单的无包膜单链DNA缺陷型病毒,安全性高、免疫原性低,可以感染人类以及其他灵长类动物,且不致病,是一个非常有前景的基因治疗工具。然而,AAV载体本身的制备和基因治疗产品的固有特性也为其带来了安全性风险,促使监管部门采取了严格的监管措施。在国内,已有数个针对基因治疗产品的相关法规和政策,大体制定了基因治疗产品临床试验及之前阶段的指导原则。在向国家药品监督管理局申报临床试验时,针对病毒载体基因导入系统(包括腺病毒载体、逆转录病毒载体和腺相关病毒载体基因导入系统等),需详细描述形成单克隆原始病毒颗粒的方法、材料、技术路线和全部的鉴定方法、标准和结果。这些鉴定一般包括:结构鉴定、整个病毒的序列分析,基因体外表达和生物活性,SDS-PAGE、表达盒DNA序列分析、Westernblot分析、转染效率、透射电镜负染法观察、复制型病毒的检测和其它污染因子的检测。
安升达解决方案
面对越来越高的监管方面的挑战,适当的检测方案和分析方法可以确保AAV的安全性和合规性。安升达在全面的一二三代测序服务,和已开发的AAV-ITRSanger测序服务基础上,又隆重推出了基于高通量测序技术的AAV基因组测序质检服务,旨在通过二代和三代测序分析,检测AAV病毒的纯度、ITR序列完整性以及目的序列准确性,帮助基因治疗药物研发客户改善其AAV生产工艺,为后续临床实验的安全性保驾护航。
结果展示(内部研发测试数据)
1. AAV包装纯度及残留DNA种类分析(二代测序)通过测序数据与已知的质粒骨架序列、插入片段序列、Rep/Cap质粒序列、辅助质粒序列及宿主细胞基因组序列的比对,可以精确测定各组分的相对含量。
AAV包装纯度及残留DNA种类分析
2. ITR及目的基因的覆盖度及SNP/InDel分析(二代测序)同时,通过与AAV基因组参考序列比对还可以检测二代测序数据对于AAV基因组的覆盖深度情况及各区域的序列变异情况。
ITR及目的基因的覆盖度及SNP/InDel分析(图中蓝色为覆盖度结果,红色为突变率结果)
3.AAV基因组的覆盖度及SNP/InDel分析(三代测序)通过三代单分子长度长测序技术,可以直接测得完整的AAV基因组序列,通过与AAV基因组参考序列比对可检测AAV基因组完整性。
AAV基因组的覆盖深度(两侧不同颜色区域标记出ITR)
同样,通过序列比对可检测序列变异情况,包括目的基因序列的准确性及整个AAV基因组序列变异度。
AAV基因组的SNP/InDel分析(两侧不同颜色区域标记出ITR)
4.ITR区域序列分析(三代数据)从上面结果2中可以看出二代测序不能完整检测AAV-ITR区域,结果3中三代测序可以完整测得AAV基因组,包含ITR区域,并可以精确检测ITR区域的完整性及序列碱基组成情况。
ITR区域序列分析(中间空格区分出Flip和Flop两侧ITR)
AAV基因治疗安升达一站式服务
基于不同平台完善的基因组学技术,安升达可以提供AAV基因治疗一站式服务,包括:rAAV的质粒构建,ITR区域的修复及Sanger测序,rAAV质粒大量制备以及AAV病毒包装,AAV病毒基因组质检等相关服务。
安升达服务优势
- 完善的服务流程:可以提供从基因合成,载体构建到病毒包装,基因组测序质检的一站式服务。
- 个性化解决方案:可以根据客户不同样本类型和不同研究目的提供个性化解决方案。
- 先进的技术:先进的基因合成技术,自研开发的 AAV-ITR 测序技术以及高通量测序不同平台技术可满足客户个性化需求。
- 质量可靠:实验室通过 ISO:9001质量认证,每个步骤都经过严格的质控,可以给客户提供高质量的服务。
更多详细信息可咨询NGS.Service@azenta.com,电话400-8100-669转3
参考资料:
Sakshi Vats, Bhavik Rathod.Gene Therapy forParkinson’s Disease.International Journal of Scientific & EngineeringResearch, Volume 7, Issue 9, September-2016
关于安升达高通量测序
安升达配备有完整的一代、二代和三代测序平台,可为客户提供多种测序读长、通量和时间周期选择,满足生命科学研究用户对成本和速度的差异化需求。通过自主研发和合作开发,在全长转录组、全长16S分析及基因组学分析等方面形成了独特的技术优势。凭借持续的研发创新,全球化的运营管理和先进的设备平台,为科研人员在基因组学研究、精准医疗与其它应用领域的研究提供最全面的基因组学解决方案。
安升达拥有先进的高性能计算平台以及数据处理能力,采用EMCIsilon集群存储系统,拥有2PB的存储容量。携手阿里云、微软云,协同打造大数据分析的云计算能力,可快速、高效地读取高质量的测序数据,并完成精准、稳定的数据分析及交付,大幅度提高生命科学研究的速度和效率。
关于Azenta Life Sciences
Azenta(纳斯达克股票代码:AZTA)是全球领先的生命科学解决方案供应商,致力于助力全球的生命科学组织更快地将重大突破性进展和疗法推向市场。Azenta 为全球业内领先的制药、生物技术、学术和医疗机构提供全套可靠的冷链样本管理解决方案和基因组服务,涵盖药物开发、临床研究和先进细胞疗法等领域。
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