2bRAD-M微生物组测序技术

2bRAD-M 微生物组测序技术
 

2022年1月26日，Genome Biology（IF：13.518）在线发表了由中国科学院青岛生物能源与过程研究所、中国海洋大学和欧易生物联合研发、共同署名的题为“Species-resolved sequencing of low-biomass or degraded microbiomes using 2bRAD-M”的技术文章。自此诞生了新的微生物组测序技术——2bRAD-M，该技术起源于2bRAD简化基因组测序技术（Nature Methods, Wang et al. 2012），通过IIB型限制性内切酶对微生物基因组酶切后获得的唯一标签（unique tag）进行微生物定性和相对定量分析，较传统微生物组测序技术有明显的技术特色和优势。

相关链接：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02576-9

技术原理
 

采用IIB型限制性内切酶对基因组酶切，可产生等长的酶切标签tag（如，BcgI酶可获得32bp等长标签），对IIB酶切标签进行扩增和测序，然后通过“两步法”对微生物群落结构进行分析（包括细菌、真菌、古菌）。

第一步，通过预先建立的含有每种微生物unique tag的数据库（2b-Tag-DB）进行定性分析，即筛选所有可检测到unqiue tag的微生物物种。
第二步，对定性的微生物再次建立2b-Tag-DB并进行相对定量分析，即对上一步得到的微生物物种，根据unique tag分布进行进一步的筛选和丰度估计。该策略能够最大化、高准确度、高灵敏度地检出微生物，而且可以同时检出细菌、真菌和古菌。

图 | 2bRAD-M流程图

表| 2bRAD-M、16S rRNA和宏基因组三种技术比较

技术特点及优势
 

种水平（species level）的物种检测分辨率

一次测序可同时检测细菌、真菌和古菌

疑难样本优中之选：低生物量（pg级别DNA）、严重降解样本（如FFPE）、高宿主污染样本等

高灵敏度：对丰度较低的微生物种类也有较高的检出能力

技术文章影响因子高：欧易生物共同署名发表在《Genome Biology》，IF：13.583

技术讲解：https://www.biomart.cn/v3/webinars/detail/1656