免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation, Co-IP)以抗体和抗原之间的专一性作用为基础,用于研究两个蛋白质在活体细胞内生理性相互作用的最为经典的方法。当活体细胞在非变性条件下被裂解时,完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留下来。如果用蛋白质 X 的抗体免疫沉淀 X,与 X 在细胞内结合的蛋白质 Y 可以与蛋白质 X 一起以复合物的形式被沉淀下来,然后经Westernblot 或质谱的方法对蛋白质 Y 进行检测或鉴定。确定两种目标蛋白质是否在活体细胞体内相互作用,也可用于确定一种特定蛋白质的新的相互作用搭档。