生物芯片制备成功后,如何检测它也是一个制约其快速发展的难点。生物芯片按标记种类可分为荧光染料、化学发光和放射性标记三种。目前大部分生物芯片采用荧光染料标记,对这类芯片的检测一般采用光电倍增管扫描仪或CCD扫描仪。光电倍增管扫描仪一般用激光作为激发光源,分为共聚焦扫描仪和非共聚焦扫描仪。由于激光共聚焦扫描仪具有较高的探测灵敏度和信噪比,可探测到每平方微米0.1个荧光分子,且其动态范围一般可达216,因此目前其市场占有率最高。目前国际上生产商用激光扫描仪的主要是:Packard仪器公司出品的ScanArray系列激光扫描仪,采用激光共聚焦线性扫描光路;Genomic SolutionsGene公司出品的GeneTAC LS IV激光扫描仪,采用的是非共聚焦扫描光路;Axon公司出品的GenePix 4000B激光扫描仪,也采用非共聚焦光路。