激光共聚焦生物芯片扫描仪具有超凡的探测灵敏度和分辨率,但成像焦深很浅,只有μm量级,离焦后成像信息就会被滤波针孔滤掉。因此,离焦对激光共聚焦检测成像的影响非常敏感,自动调焦是激光共聚焦生物芯片扫描仪的一项基本功能。由于系统的安装和检测芯片的自身差异,检测系统能够根据不同情况进行自动识别焦面,调整成像焦距,使每一个检测目标都位于检测系统的探测焦面上,这样才能更好地发挥共聚焦系统成像的优势。例如,Agilent公司的扫描仪提出了一种Dynam ic Auto-focus策略,既保持共聚焦光路比较小的焦深,同时又避免它对生物芯片表面的不平过于敏感。