COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大
COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived from conserved domain database protein motif database and sequence similarity using RPS-Blast BLAST ...
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步一步教你如何做系统进化树
我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN(LINUX)。在介绍软件之前,我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树,英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤:⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列(To ali ...
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Fasta格式的详细说明
序列的Fasta格式是最经常看到的格式之一。下面简介说明一下什么是FASTA格式。Fasta格式开始于一个标识符:"",然后是一行描述,下面是一行行的序列。每一行最好不要超过80个字母。如:gi|532319|pir|TVFV2E|TVFV2E envelope proteinELRLRYCAPAGFALLKCNDADYDGFKTNCSNVSVVHCTNLMNTTVTTGLLLNGSYSENRTQ ...
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学习怎样做一个简单的酶切图
酶切图谱(Macrorestriction Map):描述限制性内切酶的酶切点的位置和距离信息的图谱。这里简单介绍一下用DanMan软件怎样做限制性酸切图。这是以前上生物信息学(选修课来着)这门课程时学到的。我并不需要用到这些,所以对于这个没有深入研究。这里只是简单介绍一下做酶母菌质粒的酶切图。有不对的请指出。画酶切图基本的思路就是,找到全长的序列(最好是GenBank格式),然后借助软件画图。就 ...
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