关键词: protocol cdna-microarray
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RNA preparation
We recommend the following protocols for extracting total RNA:
cultured cells: Quiagen RNeasy Kit Trizol (Gibco) tissues: Quiagen RNeasy Kit modified LiCl extraction protocol (Auffray and Rougeon, Eur. J. Biochem. 107:303-314, 1980)
RNA precipitation (total RNA 100 - 150 µg)
1/10 vol 3M NaOAc (ph 5.2) 2.5 vol 95% ethanol mix store at -70 °C for 20 min (or -20 °C for 1 h or O/N) spin at max. rpm for15' discard supernatent add 1x vol 75% ethanol discard supernatent air dry pellet (make sure ALL ethanol is evaporated) resuspend in 17 µl DEPC-H2O place on ice
Solutions
Filter all solutions that come in contact with slide except blocking solution
low dTTP/dNTP solution
25 µl dGTP 25 µl dATP 25 µl dCTP 10 µl dTTP 415 µl DEPC H20 500 µl total
Prehybridization solution (Available from facility)
3.5 ml formamide 2 ml 20x SSPE 0.5 ml 10% SDS 0.5 ml 50x Denhardt's 0.2 ml ss salmon sperm DNA 3.3 ml ddH20 10 ml total
Hybridization solution (Available from facility)
700 µl formamide (35%) 50 µl 20% SDS (0.5%) 100 µl 50x Denhardt's (2.5x) 400 µl 20x SSPE (4x) 1.25 ml total
Blocking solution (20x stock)
40 µl polydA (1ug/ul) 8 µl tRNA (10ug/ul) 200 µl human/mouse Cot1 DNA (1ug/ul) 240 µl total ethanol precipitate the combined reagents Resuspend in 20 µl filtered ddH2O
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血浆样品做芯片或者高通量测序
有谁做过检测血浆(或者血清)样品中 的小rna的表达差异的,检出率高吗?咨询 了几家公司结果不是很满意 。
2 评论
R package DESeq2中在差异表达分析那一步怎么得到正确的比值
这是我的condition,我想得到CR1/CR,PR1/PR,SR1/SR,可是DESeq处理后总是得到SR1/CR,这是为什么??有什么解决方法吗?
gsea软件无法打开
按照步骤下载java,gsea软件后,无法打开gsea软件,运行Java及遇到的问题如图,是Java安装有问题吗:
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Microarray cDNA Synthesis Kit
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