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波士顿儿童医院与威斯康辛医学院利用Affymetrix DMET-PLUS芯片 开展1000例儿童患者的药物基因组学研究

关键词: 芯片 基因 Affymetrix 2014-03-17 00:00 来源:互联网 点击次数:1279

摘要:

  波士顿儿童医院的研究人员,正联合威斯康辛医学院和威斯康辛儿童医院研究所,计划利用一种全面的药物基因组学(PGx)基因分型方法,对几个不同临床 护理领域的1,000名儿童进行先行检测,作为InforMED Kids研究的一部分。

2014年2月12日

作者:Molika Ashford

波士顿儿童医院的研究人员,正联合威斯康辛医学院和威斯康辛儿童医院研究所,计划利用一种全面的药物基因组学(PGx)基因分型方法,对几个不同临床护理领域的1,000名儿童进行先行检测,作为InforMED Kids研究的一部分。

此研究的负责人Shannon Manzi告诉《PGx Reporter》,研究小组希望,这项工作将显示这种检测在预测儿童的药物反应及不良事件上的价值,并有可能鉴定出PGx变异与药物反应变化之间的新关联。

“这样做的目的是,目前还没有一项研究,在不同的背景和疾病状态下,在各组患者中开展全面的PGx平台预检测,”Manzi说。

“在我们包含的每个不同学科中,医生都有一个基因列表,其中一些是在我们使用的平台上,且他们感兴趣的。但除了这些,我们能全面地了解患者,并决定基因型是否影响他们的任何治疗结果,”她谈道。

在这项研究中,威斯康辛医学院将利用Affymetrix的DMET-plus芯片来分析患者的样本,此芯片测定在与药物代谢相关231个基因中的中1,936个标志物。

波士顿儿童医院正在从四个疾病领域招募此次研究的患者 – 癫痫病、终末期肾病、炎症性肠病和心脏病 – 并计划在本月底扩展到精神病,Manzi表示。

“DMET是基于SNP的,因此我们不大可能发现一个新基因或新变异,”Manzi说,“但是我们可以发现不同基因型的组合所产生的影响。”

作为此研究的一部分,研究小组正计划将一些基因检测结果整合到患者的电子病历中。波士顿儿童医院已经有了一 个电子病历系统,将患者的数据整合成一些药物-基因型的配对表。当医生开某种药物时,系统会弹出提醒,提示相关的基因型信息。

Manzi表示,电子病历系 统目前就14种药物对医生进行警报,提示其有效性或潜在的副作用与TPMT、CYP2C9和 VKORC1的变异相关联。

Manzi谈道,警报系统即将纳入的下一个基因将是CYP2C19,总的来说,研究小组预计提醒系统到月底会覆盖多达30种药物。

在InforMED Kids研究中,研究小组将前瞻性地追踪患者,但在某些情况下,他们也将了解这些患者过去的药物反应。

“对于这类的许多患者,医生很有兴趣研究,因为在(过去的)治疗中发生了一些事件,虽然患者能够挺过去,开始使用与基因相关的药物,但对于其他人,我们在寻找过去发生的事情,”她谈道。

据Manzi介绍,这项研究也有可能提供成本数据,帮助说服在儿童群体中实现全面PGx检测的策略。

除了InforMED Kids,Manzi还表示,她和她的同事也有兴趣对先行PGx检测对象的付款人进行调查,以便了解他们目前的理解和看法。

此外,她说,随着波士顿儿童医院开始在临床上提供基于DMET的PGx检测,它也许能够收集有关付款人如何看待PGx的一些信息。“当DMET在临床开展时我们将能够看到谁会支付费用,和为什么他们选用DMET”她说。

据Manzi介绍,研究小组在研究方案中也包含了转向另一种分析平台的潜力,在某个时候,这可能包括测序。“随着我们不断前进,我们将会看到,”她谈道。

总的来说,这项研究需要花费四年时间,在第二年的年底前招募1,000名患者,但Manzi认为,招募有可能提前完成。

“我们目前正接近300,在三个半月后,当我们增加新的临床领域,我们招募的数量会增加。因此,我不认为这需要整整两年,”她补充说。

尽管波士顿儿童医院的研究是首次在多样化的儿童群体中评估先行PGx检测,但其他一些研究在成人中采用了类似的策略。

例如Vanderbilt的PREDICT项目如今报告了一些药物的PGx标志物,包括抑制血小板药物氯吡格雷、抗凝剂华法林、降胆固醇药物辛伐他汀以及癌症和自身免疫性疾病的硫嘌呤类药物。

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