由于外源 DNA 只整合到单个或多个不连锁的孟德尔位点,由农杆菌介导转化技术获得的转基因植株,一般含有较少的外源基因拷贝数,并且发生染色体重排的概率也非常有限,因此,其非常适合于构建可稳定遗传的转基因植物群体。同时,新一代双元载体的应用还限制了多余 DNA 片段,如载体本身的骨架序列 [10 ],或非植物来源的 DNA 片段 [ 11 ] 转入植物基因组的可能性。而采用直接的转化技术时,其获得的转基因植株所含外源 DNA 片段经常会在单个孟德尔遗传位点形成很多的复杂插入 [12,13],从而影响人们对转基因技术的有效控制。最近,基因枪技术有所改进,当采用不含骨架序列和低丰度的去磷酸化的线性 DNA 片段进行直接转化时,发现外源 DNA 片段在插入位点处所形成的结构获得了明显的改善。但是,对转基因插入位点处进行测序鉴定后,发现改进的基因枪技术会引起频繁的小范围重排,导致产生多个新的可读框,以及增加叶绿体 DNA 和外源基因共整合的频率。