在 WB 和 IP 实验中,破碎细胞或组织与选择和配制裂解液一样重要。比起一些更软的组织(如脑组织),在准备 WB 或 IP 的样品时,紧密的纤维组织(如肌肉组织)需要更剧烈的方法;对于培养的原代细胞或细胞系,在准备 WB 和 IP 的样品时需要一定的机械搅拌去提取蛋白。机械破碎样品常规的方法和设备如下:
研磨匀浆器特别适合软组织和细胞悬液,它是由一个不锈钢或玻璃的活塞样槌头和一个玻璃槌管组成,匀浆器槌头表面和槌管壁是磨砂面的,以提高研磨的效果。槌头在管底部的缝隙通常是几百微米,小的组织(通常被切割成 1 mm 的小段)放在槌管底部,同时加有预冷的少量裂解液,槌头在匀浆槌管中旋转可以使小的组织碎片粉碎。某些组织研磨相关仪器也会加入玻璃粉,氧化铝珠或细沙去增强样品的粉碎。
如果没有探头超声仪,可以用细的注射器针头破碎样本,也可以破环细胞膜并切割核染色质。针头抽吸样品产生的机械压力,可以破碎细胞膜、细胞器和核蛋白复合物。首先,将样本用裂解液重悬后,先用粗一些的针头(如 10 ml 注射器针头)进行多次吹吸,再换成更小的的针头继续吹吸,直到样品粘稠度明显下降,整个过程需要在冰上操作。