蛋白质二级结构预测软件
蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步,二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α+β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已知三维结构和 ...
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蛋白质三级结构的预测软件
由于用X光晶体衍射和NMR核磁共振技术测定蛋白质的三维结构,以及用生化方法研究蛋白质的功能效率不高,无法适应蛋白质序列数量飞速增长的需要,因此近几十年来许多科学家致力于研究用理论计算的方法预测蛋白质的三维结构和功能,经过多年努力取得了一定的成果。蛋白质三维结构的预测方法通常包括:同源性建模和从头开始的预测方法。对数据库中已知结构的序列的比对是预测未知序列三级结构的主要方法,也即同源建模的方法。 ...
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蛋白质磷酸化修饰研究的新思路
蛋白质磷酸化对于许多生物现象的引发是很必要的,包括细胞生长、增殖、泛素(ubiquitin)介导的蛋白降解等过程。特别是酪氨酸磷酸化,作为细胞信号转导和酶活性调控的一种主要方式,通常通过引发蛋白质之间的相互作用,进而介导生长因子、荷尔蒙和细胞因子等对细胞膜上受体的信号调控。然而,酪氨酸磷酸化在细胞的所有磷酸化修饰中所占的比例却非常低。大概10%的细胞蛋白会受到磷酸化共价修饰,但每100次蛋白的 ...
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蛋白质结构预测的背景及生物学意义
蛋白质结构预测的背景一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质,基因规定了蛋白质的氨基酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成,但是它们只有折叠成特定的空间构象才能具有相应的活性和生物学功能。了解蛋白质的空间结构不仅有利于认识蛋白质的功能,也有利于认识蛋白质是如何执行其功能的。确定蛋白质的结构对于生物学研究是非常重要的。目前,蛋白质序列数据库的数据积累的速度非常快,但是已知结构的蛋白质相 ...
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