MutH 和 MutH 变体在 DNA 切口和切割中的活性和特异性的分析,最好用含有单个未甲基化、半甲基化和全甲基化 d (GATC) 位点的双链 DNA 作为底物来研究。为探测两条链中磷酿键的切割,DNA 底物的两条链应带有不同的标记。这样的底物可以用荧光标记引物进行聚合酶链反应(PCR) 来制备。在 d (GATC) 位点甲基的引入需要 dam 甲基化酶做酶性甲基化。通过 λ 外切酶降解全甲基化底物的两条甲基化链中的一条,并与一条互补的未被甲基化的链杂交,就得到半甲基化的底物。对这些底物与 MutH 保育后的切割产物的分析,可以很容易地用带有激光诱导荧光探测的变性聚丙烯酰胺毛细管电泳来实行 [ 19,22] 。