关键词: SNP 位点 命名
来源: 互联网
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关于snp位点的命名其实并不统一,大家在文献中一般用的都是习惯或者说惯用名称。具体表现在以下几种形式:
一、突变信息之间加上位置信息
主要有三种方式:比如说突变信息之间加上cDNA的位置,如C188T;突变信息之间加上DNA的位置,如A2546G;突变氨基酸信息之间加上氨基酸位置,如Glu145Lys。
二、按发现顺序或频率顺序拟定的惯用名称
也有几种形式,如CYP2D6*10,CYP2C9*3等。还有一些前面加个m,表示突变,如cyp2c19m2等,还有一些也可以在文献中见到,如 CYP2E1的c1>c2的突变等等。总之形式是多样的,有时确实让人感到头晕。
三、NCBI的rs号
ncbi里对所有提交的snp进行分类考证之后,都会给出一个rs号,也可称作参考snp,并给出snp的具体信息,包括前后序列,位置信息,分布频率等,应该说用这个rs号是比较容易确定搞明白的。
四、需要注意的地方
首先,由于基因信息的不断完善和补充,很多原来的snp位置信息都在发生变化,向C188T这样的snp位置信息,你只需把它当成一个名字而已,千万不要真对着188这个位置去找snp.查到位置疑议,也不必惊慌,很可能就是基因信息的更迭造成的。
再次,ncbi的同一个snp可能拥有2个rs号,这也没什么,关键是你要找对了。
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双非博士真就如大家所说没有出路?
双非博士一枚,在老师的指导下,自己也算勤奋,发了三四篇SCI,其中有一篇顶刊,手头上还有一些工作没有处理完,本来心里有些自卑,面对现在外界所说双非博士的各种言论,导致自己有些不知所措。以后进高校,哪怕你有好文章也是会四处碰壁嘛?想问问过来人的经验。
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PCR有产物但是电泳无结果
PCR后用紫外分光测定DNA含量都在450-500ug/ul,但电泳无目的片段的条带,内参也没条带。电泳中maker能跑出条带,用引物也点了样,引物的条带稍模糊但还是有,请问是哪里出了问题?
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MassArray(Sequenom) SNP位点分型检测
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