【分享】MSP(甲基化特异性PCR)介绍
甲基化特异性 PCR(Methylmion Specific PCR,MSP)及其改进方法是检测基因甲基化的经典方法.MSP法的原理是首先用亚硫酸氢钠修饰处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶都被转化为 尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不变。然后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物并进行聚合酶链反应(PCR)扩增,最后通过琼脂糖凝胶电泳分析,确定与引物互 补的DNA序列的甲基化状态。MSP法灵敏度较高,应用范围广。MSP 实验流程: 抽提基因 ...
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【分享】我的BSP测DNA甲基化经验
最近因为发现一个gene在多种肿瘤中被silenced, 我也在做DNA甲基化. 这里把我折腾1个月的经验和大家分享:)1. Genomic DNA extraction这一步其实也很重要,尤其是对tissue来说. 大家知道DNA hypermethylation会导致chromatin结构紧密, 所以这一步尽量去除DNA结合的蛋白很重要. 我们实验室常用Qiagen的两个kits效果都不是太好,最后还是用proteinase K处理后酚提醇沉 ...
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甲基化特异PCR
甲基化特异性聚合酶链反应(methylation-specific PCR,MSPCR),其作用原理基于DNA经亚硫酸氢钠处理后,来自父方非甲基化序列的胞嘧啶转变为尿嘧啶,而来自母方甲基化序列则保持不变,随后用具有高度特异性的引物进行扩增。
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甲基化特异性PCR全程易出现的问题与控制措施
亚硫酸氢钠修饰DNA的目的是将DNA序列中未甲基化的胞嘧啶完全转化为尿嘧啶,而甲基化的5-甲基胞嘧啶保持不变。影响此过程的主要因素其中任何一个环节出现问题都将导致MSP扩增失败。
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