图二:在实时定量PCR中产生荧光信号的。虽然还有其他的办法,但是这种办法在实时定量PCR中是最常用的。(A)在5′核酸酶方法利用Taq DNA聚合酶5′到3′外切酶活性,典型的TaqMan探针产生信号。这种探针能够在标准的PCR引物之间杂交模板。与其他的探针裂开之后,5′染料分子在接近淬火分子例如TAMRA(6-四甲基若丹明)时候发生淬火反应而发生脱离。5′染料分子可以采用不同的分子而6-FAM分子一般是最常用的。(B)分子标记。这个类似于TaqMan探针,它使用淬火的方式来避免一些不要的荧光信号,虽然采用直接的能量传输方式。但是,不同的是,在和模板杂交的时候它不是通过5′外切酶活性而裂开的。增加的发卡结构能够提供淬火效应。在杂交的时候,5′端的染料分子和淬火分子之间的距离(一般是DABCYL)要足够的大才能够才有最小的淬火信号。在PCR退火状态时候信号必须要分析。(C)SYBR Green I DNA结合染料。当采用这种办法时候没有必要设计第三个寡核苷酸或者杂交探针。在染料分子结合了DNA分子(通过此最佳状态的结合DNA双链),荧光信号只有在样品受到光源激活的时候才能够发射出荧光信号。这是这个办法最节约的地方,但是它不能够在使引物不形成引物二聚体这个方面优化PCR反应。SYBR Green I 染料不能够识别天然的模板和人造模板,不像TaqMan探针或者分子标记。