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miRNA表达谱--肿瘤的生物标记物

关键词: miRNA 肿瘤 生物标记物 2011-01-03 15:39 来源:互联网 点击次数:8255

2009年9月15日,Sanger microRNA序列数据库(miRBase)(http://www.mirbase.org/)升级至14.0版。新增1580条miR序列。至此,miRBase中的microRNA序列信息已超过10,000条。14.0版本共收录10,581条成熟miRNA序列信息,通过验证的microRNA发夹前体从9,539条增至10,883条,共涵盖115个物种。收录于miRNA序列数据库的miRNA序列数量越来越多(见图),有关miRNA研究的文章和出版物也层出不穷,由此表明,miRNA的研究已经成为目前生命科学领域最重要的研究课题之一。

 
发行于不同版本miRNA数据库的miRNA的数量变化示意图

更为重要的是科研工作者的研究必须与迅速增长的microRNA数据库保持一致,这是确保研究者不错失相关信息的关键。获得miRBase最新数据更新是确保完成miRNA表达谱系分析的唯一途径。对生物标记物研究来讲,评估单个miRNA起着重要的作用。在疾病诊断方面,进行miRNA独特生物标记的多重分析,对于疾病(例如癌症)的分类或预后有重要意义。

然而,一个单独的生物标记物往往在特异性及灵敏度方面受限,而miRNA表达谱具有高特异性,因此它可以反映肿瘤的进化谱系和分化。这样,为了将miRNA作为诊断标记,有必要对其进行多样性分析。由于高通量技术的使用例如微点阵分析,能够区分单个miRNA,并可以高度精确性地完成miRNA标签信息的收集。

最近,与德国癌症研究中心(DKFZ)合作的,德国Febit公司通过应用Geniom生物芯片系统,发现在胰腺癌病例存在有miRNA生物标记物(和文献报道一致)。应用微点阵观察结果显示,与从较老版本的miRNA序列数据库获取资料相比,使用升级版本数据库(12.0版本代替11.0版本)能够多获得25%的信息。在借助生物标记物来评估胰腺癌的过程中,使用了新的miRNA,而这种miRNA只能从12.0版本的miRNA序列数据库获得。这也说明生物医药应用与不断增长的数据资料保持一致的重要性。

Geniom生物芯片提供研究者最新的miRNA生物芯片。微流体微点阵系统,具备灵活性以迅速地适应新的序列信息。基于最新数据资料,最佳化的捕获探针的合成,是直接在生物芯片的微通道内完成的,从而保证了芯片的生产和最新microRNA同步的独一无二优势。吉奥生物和德国Febit联合推出了和Sanger miRBase 14.0同步的miRNA表达谱芯片。

如果需要,Geniom生物芯片探针能够很容易地根据研究人员的需要而定制。样本检测所需时间短,能够迅速提供可以直接用于发表的数据,因此在竞争激烈的的生物医药研究领域,具有不可替代的地位。

什么是miRNA(microRNA)?

miRNAs是一类内源性、约22个核苷酸长度的非编码RNA,具有稳定的特异性序列以调节基因表达。2001年,miRNAs作为线虫生长发育过程中的调节器而被发现,在病毒、植物和动物体中,miRNAs已被公认为主要的调控基因家族之一,通过mRNA靶向作用降解或抑制其翻译。

与蛋白编码基因谱相比,用miRNA表达模式来划分癌症类型的可靠性出乎意料(Lu et al.,2005;Rosenfeld et al.,2008)。此外,在常规收集的、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的临床组织标本中,miRNAs的表达具有特异性和稳定性,更进一步证明其作为诊断性生物标记的巨大潜能(Li et al., 2007)。

在哺乳动物基因组中,约有70%的miRNA基因定位于特定转录单位。他们经常存在于蛋白编码基因的内含子处,并且优先排列在与其具有相同靶mRNA的结构处(Kim and Nam,2006)。另一种情况,miRNA基因可能定位于非编码转录单位的内含子或外显子处。组织特异的miRNA表达的调控至今没有完全阐明。

编辑: 克林斯曼
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