选择纯化特异蛋白质的适宜染料一般是通过反复试验比较后决定。Cibacron Blue F3GA,作为该领域的先驱染料与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸很相似,并且一直用于纯化激酶、水解酶、聚合酶和其他核苷酸依赖的蛋白质。但是这种结合特异性不是绝对的,Cibacron Blue 也用于不具有核苷酸结合功能的各种蛋白质的纯化。蛋白质与染料的结合可能涉及疏水、静电或氢键结合力等。
在开始染料配基层析纯化蛋白质之前,必须确定所用的染料。如前所述,需用不同染料柱进行小规模(1 ml 柱)试验筛选。Scopes 推荐的策略可供参考。此外,进一步的小规模试验可用于优化洗脱参数。有必要提醒注意的是:一个能与许多蛋白质结合而不结合目的蛋白的染料配基柱非常有用。它可以作为最终纯化前去除杂蛋白的极佳步骤。以下介绍 Cibacron Blue F3GA 柱用高盐溶液洗脫的方案。
1. 用5 ml Cibacron Blue F3GA-琼脂糖装填一个层析柱。对大多数实际应用来讲,短而粗的柱子应能获得满意效果。长而细的柱子多用于纯化结合力弱的蛋白质,虽然流速会有所下降;