制备免疫亲和柱要求抗体首先共价结合到介质上。另一方法是将抗体结合到蛋白 A 或 G 小珠上,再用交联剂固相化。后一方法由于蛋白 A 或 G 结合在杭体的 Fe 区, 所以结合抗原的部位获得充分暴露,从易于接近。免疫亲和柱制备完成后,抗原溶液即可以上样,接着洗去污染物,然后洗脱抗原。如果不能利用特异的配基破坏抗原抗体之间的相互作用来洗脱,只好釆用非特异洗脱方法。但是非特异洗脱方法一定要小心应用,以免目的蛋白失活。
单克隆抗体通常在免疫亲和纯化中比多克隆抗体更有用。单抗代表与目的蛋白具有单一特异结合部位的均一抗体,因而它的结合是确定一致的。洗脱也如此,因为只需破坏单一类型的相互作用就能释放目的蛋白。应当说,多克隆抗体在亲和纯化中也是可用的,特别是用很纯的抗原免疫动物产生的多克隆抗体。总之,进行有效的免疫纯化的主要关键是获得特异抗体,它与底物之间具有 YI 一定强度的亲和结合力。该强度的结合力一方面可以在洗柱过程中保持底物蛋白仍然结合在柱上,不被洗脱;另一方面又不至于结合太紧难以洗脱,采用极端洗脱条件而造成底物蛋白变性。所以选择用于免疫纯化的抗体的方法应是试验一组单克隆抗体,挑选不仅具有足够的亲和结合力,而且还能洗脱下完整抗原的抗体。
免疫纯化的质量取决于抗体溶液的纯度。制备免疫亲和柱使用的抗体既要具有前面提到的特性,又要尽可能的纯。免疫亲和柱的制备是相当昂贵的,其结合容量却相对较低,常常每 ml 介质结合到 1 mg 抗原。因此为了节省和提高效率,经常制备的是小而粗的柱子,同时在亲和纯化步骤里要求样品溶液重复几次上样,以便纯化更多的抗原蛋白。此外,较小的柱子也可以减少和限制柱污染或蛋妇酶灭活造成的抗体丢失。