利用细菌胞壁蛋白的特性可以提供了一个快速、简捷、特异、高效的抗体纯化方法。这里细菌胞壁蛋白主要指蛋白 A 和蛋白 G,它们分别从金黄色化脓性葡萄球菌和 G 组链球菌分离纯化。它们能特异结合到免疫球蛋白的 Fe 部分。由于它们对不同的免疫球蛋白有不同的亲和力,所以应根据免疫球蛋白的种类和类型选择蛋白 A 或蛋白 G。例如,纯化免疫兔产生的多克隆抗体需选用蛋白 A 分离纯化,而免疫羊产生的多克隆抗体则用蛋白不同种类及类型的免疫球蛋白与二者亲和力不同。同理,具有蛋白 A 或蛋白 G 结合部位的嵌合蛋白也可用于抗体的分离纯化。蛋白 A 或蛋白 G 与抗体的结合可以通过酸碱度、盐浓度和温度的改变解离。蛋白 A 或蛋白 G 在实验室就能有效地偶联到介质上。