PCR 反应结束后,从扩增 DNA 产物中去除扩增反应残余下来的寡核苷酸引物,引物二聚体及 dNTP 是非常必要的。首先,DNA 扩增目的产物内残余的 dNTP 可以在剩余热稳定 DNA 聚合酶的作用下填平已被限制性内切核酸酶切割产生的 DNA 产物的黏末端,使后者难以被进一步克隆。其次,过量的寡核苷酸引物可导致用第一次 PCR 扩增的 DNA 产物作模板再进行第二次 PCR 扩增反应的效率降低。最后,引物二聚体内部的众多的限制性核酸内切酶酶切位点可与扩增 DNA 片段两末端的酶切位点竞争限制性核酸内切酶,从而影响扩增 DNA 片段的薄切效率。