PCR 产物经酚:氯仿抽提、乙醇沉淀及其他一些常用方法纯化后,DNA 样品内还往往残留了一些具有酶活性的 Taq DNA 酶与另外一些热稳定 DNA 聚合酶(Cioweetal. 1991; Bamesl992)。这些残余的 DNA 聚合酶连同一些残余的 dNTP 的持续存在,常常妨碍有待进一步克隆的扩增 DNA 片段末端的剪切。例如,残余的 DNA 聚合酶常常填平由限制性内切酶消解产生的 3' 凹末端。毫无疑问,Tag DNA 聚合酶的持续存在可用来解释许多实验室为克隆 PCR 产物时常遇到的难题,即 PCR 扩增片段经由相应的限制性内切核酸酶消解后往往不能顺利地克隆到由同样的限制性内切核酸酶酶切的载体上 (Bennett and Molenaar 1994)。