小量制备的质粒DNA经酚/氯仿抽提后可以进行限制性内切酶分析 , 但是对于一些 DNA 纯化要求高的实验如哺乳动物细胞转染、转基因动物操作等, 需要进一步提高质粒DNA的纯度。这种纯度要求不但包括细菌染色体DNA 、RNA 及蛋白质的去除 ,而且还要选择质粒 DNA 的不同分子构型,一般为纯化共价闭环质粒 DNA 。常用方法如下:
①聚乙二醇沉淀法 ;
②氯化铯 -溴化乙锭密度梯度离心法:多年来仍是提供毫克级高纯度质粒 DNA的基本方法, 该方法需要使用溴化乙锭和较长时间超速离心 ,它能制备大量质粒 DNA ,但比较昂贵和费时 ;